Cuando pretendemos estudiar la evolución biológica nos enfrentamos a un obstaculo desalentador, la evolución es extremadamente lenta y por ende es imposible reproducirla en nuestros laboratorios en nuestras cortas vidas. Como estudiar un fenómeno que ha ocurrido en el marco de eras geológicas en nuestros limitados periodos de vida. Por decadas hemos realizados experimentos con organismos de corto periodo de vida y alto nivel reproductivo , o sea hemos estudiados organismos que proveen cientos de generaciones en un corto periodo de tiempo. También hemos trabajado con microorganismos como bacterias que se reproducen a una velocidad altisima pero estos experimentos toman también tiempo, son complejos en su implementación , en particular la data que buscamos es tremendamente dificultosa de obtener y además es dificil de hacer un buen trabajo estadístico en el ambiente bacterial. Las respuestas que hemos obtenidos en esos estudios son basicamente asociados a la microevolución , pero nada significativo hemos podido obtener en torno al sensitivo tema de la macroevolución. Tal parecería que la evolución quedaria para siempre recluida a las area de la obervación y discusiones teóricas. La repuesta a estas limitaciones para hacer experimentos en torno a la evolución biológica están en el uso de la simulación digital y en el desarrollo de algoritmos que simulen el proceso evolutivo y su implementación efectiva como softwares. Dado lo complejo del proceso de evolución biológica, el inmenso número de variables envuelto en el proceso, nuestra ignorancia parcial de la interacción de esas variables unas con otras, y otros factores vitales en la evolución que solo conocemos parcialmente su accionar me temo que la obtención de un modelo y algoritmo que reproduzca fielmente a la evolución es imposible por ahora. Pero si creo que en la medida que ganemos entendimiento de este proceso evolutivo, y el software sea enriquecido y corregido en algún error, nuestra simulaciones y algoritmos podrán mejorar y rendir mejores resultados y predicciones.
El software Avida es una plataforma virtual y de modelación de la evolución biológica. Está basado en el analisis de la autoreplicación de organismos digitales o sea de programas de computación. Este software fue inspirado por el juego digital Tierra. El programa Tierra simula un sistema evolucionario al introducir programas de computadoras que compiten por los recursos de la computadora como ciclos del microprocesador , espacio en el cache, y espacio en memoria. El software Avida establece que cada organismo digital “vive” en su propia región de memoria RAM y es ejecutado por su propio procesador virtual como un proceso independiente. Esencialmente cada organismo digital es independiente uno de otro porque ninguno de estas entidades digitales puede acceder a la memoria de la otra (no para leer ni para escribir) y solo puede ejecutar codigo que esté definido para su propio espacio de memoria. La diferencias fundamentales entre Avida y Tierra son que en el software Tierra los organismos digitales comparten y compiten por el solo microprocesador de la computadora, aun mas diferente es que los CPUs virtuales de diferentes organismos digitales corren a diferentes velocidades, o sea que diferentes organismos ejecutan diferentes números de instrucciones en el mismo perido de tiempo. La velocidad a la cual corre cada organismo digital en su propio CPU virtual está determinada por una jerarquia de tareas, que les confiere prioridades. En el software Avida los organismos digitales compiten por recursos de la computadora de un modo independiente uno de otro, algo que replica y simula de un modo mas realista y efectivo la evolución biológica. Hay algo que debemos tener presente, que tanto el ADN como un programa de computación pueden ser reducidos a grupos de instrucciones encaminados a cumplir propositos. El ADN instruye a la celula como producir proteinas y un programa instruye al CPU como procesar información. Estos organismos digitales se hacen replicas de si mismos a un elevado ritmo y sufren cambios aleatorios en sus intrucciones similares a las mutaciones en el ADN de especies biológicas. El programa matiene records de todas las generaciones , las variedades de mutantes y sus proporciones numéricas desde el comienzo de la simulación.
En el verano de 1993, Charles Ofria y C. Titus Brown se unieron a Adami para desarrollar una nueva plataforma que simule la evolución biológica, el resultado seria Avida. Esta plataforma fue diseñada para tener una configuración detallada y versatil junto a una elevada capacidad para registrar todas las variables contempladas en una población de organismos digital. Como expuse anteriormente en el software Tierra los organismos digitales eran ejecutados sequencialmente, el nuevo sistema Avida adoptó un enfoque paralelo donde los organismo digitales competian por recursos computacionales independiente unos de los otros , algo mucho mas cercano a la dinámica de la evolución. Los estudios realizados hasta ahora han probado ser inconclusivos , parciales pero espero que en la medida que el software sea mejorado, por lo menos seamos capaces de ganar un entendimiento de como una poblacion que crece a la par de su diversidad reacciona frente a presiones selectivas. Por ahora es un buen comienzo, en lo que nos tomamos los proximos siglos en identificar y entender todas las variables, factores, constrains y dinámicas que conforman a la evolución biológica.
Avida no es una simulación de la evolución, es una instancia de esta. Todas las partes esenciales de los proceso Darwinianos estan presente. Estos organismos digitales se replican, mutan, compiten entre ellos por recursos computacionales. El proceso de selección natural está ocurriendo en este contexto. Si esa es la definición central de vida, entonces estos organismos cuentan como ella.
Robert Pennock
Citation: O’Neill B (2003) Digital Evolution. PLoS Biol 1(1): e18. doi:10.1371/journal.pbio.0000018
Un prión es una proteina que se conduce como un agente infeccioso. Es importante entender que los priones son proteínas, no virus, por ende no tienen genoma.La proteina en si no se replica o crea copias de su versión deformada.Se ha encontrado que las proteinas que se conducen como priones mantienen estructuras primarias intactas pero algo está dramaticamente alterado en su estructura secundaria / terciaria y por ende tienen una configuración espacial anormal y por esa razón no pueden cumplir su cometido biológico normal. Son agentes patógenos formadospor una proteína llamada PrP .Su actividad anormal producen entre otras condiciones, la enfermedad de las “vacas locas” o encefalopatía bovina espongiforme. Esta proteína se acumula en el cerebro de animales enfermos , dando lugar a la estructura esponjosa de la corteza cerebral que da nombre a la enfermedad. Las enfermedades producidas por priones, tienen un comportamiento atípico, se transmiten verticalmente lo cual es no predecible , como cualquier enfermedad hereditaria típica, mientras que por otro lado se comportan de manera infectiva, transmitiéndose horizontalmente lo que si es predecible, mediante contagios que pueden darse entre individuos de distintas especies. El mecanismo por el cual la infección se propaga está intimamente relacionada con la acción del prión al entrar en contacto con las proteínas normales o sea de configuración secundaria / terciaria regular, este contacto induce a las proteinas normales adoptar la forma anómala del prión, mediante un mecanismo bioquímico todavía desconocido por la comunidad científica. Está plenamente correlacionado que configuraciones anormales de la proteina PrP esta intimamente relacionada con los desordenes y con la neurodegeneración propias de las enfermedades producidas por priones. Es importante notar que la función fisiológica de la proteina PrP en su estado normal es pobremente entendido. Las ratas de laboratorio que han sido desprovisto del gen que codifica por la proteina PrP no desarrollansintomas de enfermedades asociadas a priones aun en condiciones de desarrollarlas. Esta evidencia nos sugiere de modo contudendente a pensar que la patogénesis de la enfermedad no este tan asociada a la conversión de la forma natural de la proteina a la deformada en su estructura espacial. Me parece que este artículo no debe ser obviado por nadie interesado en el tema de los priones y las enfermedades que se derivan de estas proteinas alteradas en su estructuras espaciales.
Citation: Chiesa R, Harris DA (2009) Fishing for Prion Protein Function. PLoS Biol 7(3): e1000075. doi:10.1371/journal.pbio.1000075
Funding: Work in the Chiesa laboratory is supported by grants from Telethon Italy (S00083), the Cariplo Foundation, and the European Community (Network of Excellence NeuroPrion). Work in the Harris laboratory is supported by grants from the US National Institutes of Health (NS052526 and NS040975) and the Dana Foundation.
Abbreviations: PrP, prion protein; PrPC, cellular form of PrP; PrPSc, scrapie (infectious) form of PrP; S2, Schneider 2
Uno de los problemas más críticos que enfrentamos en el estudio de sistemas biológicos es desarrollar modelos estadisticos sólidos que constituyan descripciones cercanas a las realidades biológicas en estudio. Este problema ha sido particularmente insidioso porque los sistemas biológicos tipicamente contienen un inmenso número de variables que interactuan entre ellas, este escenario impide un acercamiento simple a la hora de abordar y crear modelos bioestadisticos. Recientemente, varios grupos han reportado una estrategia alternativa a la hora de enfrentar y desarrollar complejos modelos de naturaleza biológica. Este reporte muestra estos modelos estadistico alternativos y de alta seguridad sin el conocimiento de todas las interacciones de un sistema. Como alternativa al conocimiento de todas las interacciones para contruir el modelo, solo es usado pares de interacciones que son más faciles de identificar y cuantificar. El modelo que se puede obtener con el uso de pares de interacciones es sólido y confiable, en pequeños subsistemas, pero en la mayoría de los casos estos modelos no proveen una descripción sólida ni segura de un verdadero y complejo sistema biológico. Se pueden preveer y obtener un modelo de un sistema complejo biológico a partir de modelos más limitados obtenidos con el analisis de pares de interacciones. Acorde al estudio existe un punto en el poder predictivo de los modelos obtenidos con el analisis de pares de interacciones: si el tamaño del subsistema está por debajo de ese valor , entonces los resultados del subsistema no tienen poder predictivo para sistemas mas complejos. Como contraste, si el tamaño del subsistema esta por encima del valor, el subsistema modelado sobre la base del analisis de pares de interacciones puede ser extrapolado a sistemas más complejos con relativo éxito. Abajo cito toda la información de una publicación PLoS que aborda el tema brillantemente, la citación de la publicación, información como contacto de los autores es proveido. Un link es también proveido para obtener la publicación en formato PDF desde mi blog, puede contactarme si algun problema se presenta durante la lectura del papel.
Citation: Roudi Y, Nirenberg S, Latham PE (2009) Pairwise Maximum Entropy Models for Studying Large Biological Systems: When They Can Work and When They Can’t. PLoS Comput Biol 5(5):
e1000380. doi:10.1371/journal.pcbi.1000380
Editor: Olaf Sporns, Indiana University, United States of America
Received: November 10, 2008; Accepted: April 1, 2009; Published: May 8, 2009
Funding: YR and PEL were supported by the Gatsby Charitable Foundation (http://www.gatsby.org.uk) and by the US National Institute of Mental Health grant R01 MH62447. SN was supported by the US National Eye Institute grant R01 EY12978. The funders had no role in study design, data collection and analysis, decision to publish, or preparation of the manuscript.
Competing interests: The authors have declared that no competing interests exist.
Un fósil transicional, o de transición evolutiva, es un espécimen de fósil con rasgos morfológicos intermedios entre dos clases de especies que tienen una relación de ancestro y descendiente. La paleontología ha probado no ser capaz de proveer muchos de ellos. Acorde a las nociones clásicas de la macro evolución Darwiniana el registro de los fósiles debería proveer un número inmenso de tales fósiles. La realidad es otra, poquísimos fósiles pueden ser clasificados como transicionales y aun así algunos especimenes han sido calificados como tales usando criterios muy parciales y subjetivos. Algunos escritores y periodistas usan el dramático término eslabón perdido, yo personalmente no considero que ese término deba ser usado en el ámbito de las ciencias paleontológicas, mejor lo reservamos para novelas y periodismo trivial. Es mi más firme creencia que el uso de este término ha contribuido a la enorme desinformación que existe en el público en general con respecto a la evolución y la paleontología. Un nuevo fósil se ha anunciado en New York, y pertenece a la clase de especimen que me ha impresionado y han sido unos de los pocos que lo han logrado. Una nueva publicación científica ha aparecido en los jornales, que comprime el trabajo exhaustivo de excellentes paleontólogos en torno este fósil. Después de obtener la publicación y leerla en mis tiempos libres, o sea sacrificando horas de sueño, pese a que soy un excéptico en torno a la paleontología como disciplina, entendí que estaba frente a algo extemadamente inusual. Sin lugar a dudas este especimen es uno muy especial, es un fosil de transición que muestra características de un linaje de primates muy alejados del humano combinadas con caracteristicas de primates más cercanos a nuestra especie. Es importante notar que no es un antropoide, pero segun el equipo de expertos que evaluó el fosil es el primer vinculo a todos los humanos o una primera fase evolutiva de los primates en nuestra dirección. Este fosil reune en si lo primero de todos los primates pero muestra caracteristicas de lineas evolucionarias humanas. No soy un paleontólogo profesional, pero el fosil es impactante, es quizás el primer especimen de los primates que se aparta de la linea de los lemures, siempre me habia cuestionado la ausencia de fósiles cercanos a los lemures. Es lo mas cercano a un lemur y a la vez no lo es y muestra evidencia de movimiento hacia linajes antropomorficos. Realmente es uno de los pocos fósiles que he visto que pueden ser calificados de transición . Muestra características de los primeros primates combinadas con morfologia de transicion hacia más modernos primates. Proveo la publicación en formato PDF, la obtuve en los PLoS. Por cierto , que por primera vez vi referencias en Yahoo.com y en MSN.com al artículo contenido en los repositorios de PloS. La idea de los PLoS no solo está prevaleciendo en los predios académicos sino que está emergiendo en los medios de comunicación social , al menos en la internet, es algo que me llena de satisfacción. He leido en otros blogs a personas comunes no relacionadas con la ciencia que han leido la publicación original de los PLoS, esa es algo extraordinario sin lugar a duda.
Journal reference:
Jens L. Franzen, Philip D. Gingerich, Jörg Habersetzer, Jørn H. Hurum, Wighart von Koenigswald, B. Holly Smith. Complete Primate Skeleton from the Middle Eocene of Messel in Germany: Morphology and Paleobiology. PLoS ONE, 2009; 4(5)
Los Genpets son vendidos en el website del artista http://www.brandejs.ca/store , a precios de $800 a $1200, y definitivamente son producidos en serie. No solo es un hoax sino una operación comercial precedida por un marketing muy inteligente . Si son objetos para ser vendidos. El artista clama en su sitio web producir muy pocos de ellos, de hay su precio desmedido, pero esa historia es común y es un ardid tan viejo como la historia del comercio. Definitivamente los genpets nunca han estado vivos pero siempre han estado a la venta y es mi opinión que se pueden comprar tanto como quieran de ellos y aun a precios de descuento.
Dos amigos, Humberto Moreno, en un comentario, e Israel Abreu en un correo electrónico me han hecho notar que este supuesto producto Genpet es un hoax y una obra de arte única creada por un artista , o sea no es un juguete o producto que se puede obtener en algun sitio comercial. Yo pensaba que eran un juguete que pretedia simular alguna clase de actividad biológica. Por supuesto siempre supe que estos genpets no eran entidades biotecnológicas, soy un biologo computacional por formación profesional . No lo podia creer, para mi eran juguetes destinados al mercado.Tras una busqueda y analisis en internet , lo confirmo, es un producto o más bien una obra de arte no destinado a su comercialización. El artista que creó estas obras es Adam Brandejs . Por supuesto no estoy familiarizado para nada con su obra. También desconozco si alguna pieza fue vendida en alguna instancia como obra de arte. Mi error fue asumir automáticamente que el producto era alguna clase de producto destinado a su comercialización masiva. Después de una busqueda intensiva en la internet, no he encontrado ninguna evidencia que soporte la noción que han sido vendidos, más bien han sido expuestos en exposiciones. Lamento inmensamente mi inesactitud, he intentado presentar argumentos que considero validos y necesarios introduciendo un elemento impreciso. El artículo ha sido producto de una pobre investigación sobre el tema, consideré que estos artefactos eran juguetes para ser comercializados , y sobre eso traté de presentar y argumentar un problema que considero fundamental para discusión. Lamento inmensamente esta impresición. He pensado intensamente sobre que hacer con el artículo de los genpets, pudiera borrar el posting pero he decidido mantenerlo incluido en mi blog pese a mi impresición. La razón que lo mantengo es simple, es que presenta problemas reales que aflijen a nuestra sociedad tales como la trivialización de problemas ingentes y ausencia de pensamiento crítico en grandes sectores de nuestra sociedad. He corregido e informado de lo inesaxto en este posting. Ademas el artículo de los genpets será para mi un recordatorio de lo que no debe hacerse a la hora de escribir en un blog. Espero que mis pocos lectores disculpen mi error.
Update: Los Genpets son vendidos en el website del artista http://www.brandejs.ca/store , a precios de $800 a $1200, y definitivamente son producidos en serie. Creo que puede adquirir todos los que desee, no hay limites.
ALH 84001 aparenta ser el nombre de un compuesto químico pero no lo es. Es el nombre otorgado a un meteorito, que como todo buen meteorito calló a la tierra desde el espacio. Este meteorito es de origin igneo, en otras palabras se formó al enfriarse y cristalizar magma. En este caso magma de otro planeta, magma de nuestro vecino planeta Marte. La primera pregunta que nos viene a la cabeza es como asegurar que esta piedra sin aparentes atributos especiales proviene de Marte. No es el único meteorito que podemos asegurar que proviene de Marte, en realidad hay más de 10 de ellos, que con plena certeza clasificamos como proveniente de nuestro vecino planeta. Las composiciones químicas de los planetas difieren dramaticamente unas de otras. Como podemos conocer las composiciones químicas de las atmosferas extraterrestres, es a travéz de simple espectrocopía, analizando y descomponiendo la luz que emiten los diferentes constituyentes de las atmosferas planetarias.La evidencia en este caso es proporcionada por el gas atrapado en el interior del meteorito, su composicion es única y distintiva, es identicamente similar a la atmósfera de Martes. Esa es la razón por la cual cual podemos asegurar que este meteorite proviene de Marte y no de ninguna otra esquina del vasto espacio que nos rodea.
Diferentes pruebas nos han confirmado que el meteorito cristalizó hace 4 billones de años , y que fue fundido nuevamente por un golpe cinético de naturaleza extrema debido a un choque de algun otro cuerpo celeste. Interesante es que despues alguna solución de origen aquosa paso por la roca y sedimentó minerales de carbonato, algo extremadamente inusual. Aparentemente algun tiempo después esta roca fue lanzada al espacio por el impacto de algun otro cuerpo celeste, en este caso escapó a la gravitación de Martes orbitando el sol como un pequeño asteroide hasta que fue atrapado por la gravitación terrestre, el resto fué caer hacia la superficie terrestre.
Que hace tan inusual a este meteorito? En definitiva hay miles, sino millones de meteoritos y ninguno ha sido tan controversial. Lo singular de este meteorite proviene de que en Agosto 6, 1996 se anunció que este meteorito puede contener evidencia extremadamente fuerte de microfosiles de vida antigua y microcópica en Marte. Este anuncio apareció en la prestigiosa publicación Science en un artículo escrito por el también reconocido científico David McKay de NASA. Con el uso de técnicas de microscopía electrónica aparecieron estructuras de apariencia biológicas, o sea me refiero a la presencia inconfundible de microfósiles calcificados con apariencias de bacterias y otras pequeñas estructuras biológicas. Estos microfósiles constituirian la primera evidencia que en otro planeta la vida al menos microscópica floreció. Esto es muy controversial porque reenfuerza la noción de que cuerpos celestes como meteoritos pueden transferir vida en forma de bacteria de un sitio a otro del espacio. En el año 2006 otros expertos plantearon que los microfósiles no constituyen pruebas de vida en Martes sino solo un caso de contaminación terrestre. Sin embargo los excepticos no han sido capaces de proveer un mecanismo alternativo de como se pudieron formar semejante microfósiles. El hecho objetivo permanece inalterable, tenemos un meteorito de indudable origen marciano con trazas de vida en formas de microfosiles calcificados. Estudios recientes revelan la presencia de moléculas orgánicas , tales como aminoacidos pero nuevamente , otros científicos lo achacan a contaminación terrestre. Personalmente creo que el debate persistirá, y es bueno que exista, le es intrinseco a la ciencia la duda y la discusión abierta. Los microfósiles en mi opinion son estructuras altamente inusuales, y que no puedo asegurar que no son producto de contaminación terrestre, pero mientras el bando de los exepticos no me provean mejores explicaciones y mecanismos en torno al origen de estos microfósiles colocaré ALH 84001 en un lugar muy especial en mi escala de dudas.
En este video podrán apreciar los microfósiles en el meteorito , estan muy bien definidos morfológicamente, es muy evidente de que se tratan de estructuras biológicas fosilizadas. Si estos microfósiles son productos de contaminación terrestre o no, eso está por ver, pero el hecho permanece inalterable , estamos frente a algo extraordinario e inusual.
Los Genptes son preempaquetados y obras de biología genética!!!!
Los Genpets no son ni juguetes, ni mucho menos robots. Ellos son animales genéticos que viven y respiran .
Nosotros usamos un proceso llamada “Zygote Micro Injection” que está rapidamente convirtiendose en un método eficaz para combinar ADN, o para insertar proteinas de diferentes especies.
La ”información” anteriormente reproducida fué extraida y traducida al castellano del sitio web de la compañia que produce a estos “monstruos genéticos” , puede acceder al sitio en el URL http://www.genpets.com . Si observa y lee detenidamente la compañia trata por todos los medios de no identificarse como un productor de juguetes , sino como una compañia biotecnológica que provee una especie de clone llamada genpet.
Siempre he creido que algunas personas nacen con pobres luces y que otros tras un sostenido esfuerzo y colaboración familiar alcanzan niveles sostenibles de estupidez.Mi idea es la siguiente , no todos nacen para ser pensadores o científicos, pero que si todos hemos nacido asistidos con los atributos esenciales que pueden sostener el sentido común y algún nivel de pensamiento crítico. Algo está fallando en los últimos tiempos, nuestros abuelos y bisabuelos no asistian a las escuelas por muchos años, pero sustituian lo limitado de su educación por una buena dosis de sentido comun que les permitían navegar por la vida con un nivel aceptable de dicernimiento. De donde provino ese mecanismo compensatorio que asistió a nuestros ancestros , aun es misterioso para mi.
Yo provengo de una dictadura totalitaria de corte comunista, existian en ese contexto social mecanismos represivos para suprimir cualquier clase de pensamiento independiente y crítico, era vital para la sobrevivencia del sistema esa supresión, la paradoja es que en mi país nunca se dejo de pensar, lo unico que logró el regimen fue callar a la gente y el subproducto de la doble moral a consecuencia del silencio. Ahora vivo en una sociedad esencialmente democrática, y algo está mal. Sucede que es una sociedad de consumo, se necesita vender a toda costa, vender no solo lo necesario sino tambien lo no necesario. Como se vende lo prescindible? Simple creando la ilusión de que es necesario. Hay ciertos productos que para ser vendidos no necesitan ningun atributo intrinseco o resolver necesidad humana alguna. La colaboración de un consumidor carente de pensamiento crítico basta. Creo que a la modernidad, le es inherente que la estupides prevalezca, sino como hubiera oportunidades para los vendedores de GenPets. En una sociedad de consumo, se necesita una gran masa de consumidores, unos pillos que provean los insumos innecesarios , una clase política al servicio de los pillos y unos pocos que expongan verdades incomodas. Presento un video de una cadena televisiva acerca de los GenPets donde aparentan creerse los atributos de este golem genético, y algunos de los comentarios más “brillantes” que encontré en torno a este video. Para ser justo, muchos comentarios reconocen que el producto es un juguete y no ningun ente biológico, pero aún asi no puedo sustraerme al deseo de mostrar algunas joyas de irracionalidad. Los comentarios fueron realizados a este video, aparecen en youtube.com y han sido reproducidos fielmente, no incluyo nombres por razones obvias.
cesarmari (3 months ago)
Degenerados ojala quiebren!! Como juegan con la vida??
arturoraul4 (3 months ago)
a mi me parece indignante que esten jugando a ser dioses, y luego vender sus “creaciones”
00800800 (5 months ago)
los genpets si son reales, pero son ilegales, ya lei la pagina, pero eso si, esas cosas son del diablo porke pueden estar poseidas, es porque dios prohibe que uno combine animales porque es contranatural, es como si una persona tuviera un bebé y lo arrojara a la basura, es lo mismo que estan haciendo.
marsuprstar (2 weeks ago)
qe no, qe son verdad qe tienen pagina web pero todavia no los an empezado a vender.
iorelk (3 weeks ago)
sera xq en genesis dice q solo dios da la vida asi empeso el diablo copiando a dios y tratando d imitarlo y termino en un foso d azufre
rxphxelx (2 months ago)
estoy de acuerdo! es una atrocidad! que va a ser de los pobres animalitos de aca a 10 o 20 anos??que otra atrocidad inventaran ?
Durante estos últimos años la biologia ha generado volumenes inmensos de información, tanto genética como de otra clases. La biologia computacional nace como consecuencia de esa acumulación de data, es imperativo para la biología moderna el analisis e interpretación de toda esa información. Respuestas fundamentales en la biologia han sido obtenidas de el analisis de volumenes de información acumulados por años.
La biología computacional es el uso de algoritmos y técnicas informáticas para abordar problemas de contextos biológicos que reunen volúmenes inmensos de información, el propósito de esta disciplina es el entendimiento quizás no pleno pero si semiparcial de problemas biológicos. Siempre he notado y explicado a amigos y alumnos que pese a que la biologia computácional usa métodos numéricos no es una ciencia exacta, mas bien maneja unos criterios fundamentalmente empíricos. El más conocido de estos criterios, y que quizás constituya también la operación y algoritmo implementado mas usado sobre la internet por bioinformáticos es el famoso BLAST. Esta es una operación , basada en un algoritmo de alineamiento de cadenas de caracteres, desde ese punto de vista pudiera parecer algo numérico, algoritmico, exacto, pero cuidado no lo es. La operación BLAST basicamente busca cadenas similares sea de ADN o proteinicas a la que uno posee y que ignoramos su actividad biológica contra otras proteinas contenidas en una base de dato y que ya han sido caracterizadas en su actividad biológica, es importante notar que los resultados se obtienen de un modo eficiente. Una vez que se encuentran cadenas similares en una base de datos, asumimos que una cadena de caracteres , por ejemplo un gen , una pieza de ADN, codifica por una enzima similar a las ya contenidas en la base de dato. Aun más se maneja el criterio que proteinas desconocidas en función biológicas pero similares en sequencia a otras cadenas proteicas conocidas anteriormente tienden a jugar roles biológicos idénticos o al menos muy cercanos. Este criterio de trabajo funciona en muchos casos, pero desgraciadamente no trabaja en otros casos de un modo tan simple y puede ser extremadamente confuso.Desgraciadamente eficiencia no es todo,generalmente eficiencia es el subproducto del sacrificio de otros parametros. BLAST es un método heuristico, que sacrifica la busqueda de máxima exactitud en el alineamiento de cadenas a cambio de velocidad y menor consumo de recursos computacionales, es necesario entender que las bases de datos que contienen proteinas conocidas y caraterizadas estan en la internet y son accedidas por aplicaciones web, escenario que condiciona una politica de economia de recursos debido a un alto volumen de operaciones . La biología computacional abarca varios campos ya establecidos: química, bioquímica, matemáticas, programación, física, estadísticas. Es probablemente la más interdisciplinaria de las ciencias.
La información contenida en las bases de datos en Biología molecular se incrementa de manera casi exponencial,el control de estas base de dato involucran una colaboración cercana entre distintos centros de investigación en el mundo entero. Para mencionar una solamente se calcula que la información contenida en el GenBank se duplica cada año.El trabajo que se desarrolla para mantener la calidad de la información de estas bases de datos es intensivo y requiere de profesionales dedicados y con una alta preparación profesional. Estos profesionales, guardianes de la calidad de la información contenidas en las bases de datos los llamamos curadores. Hace años atrás la palabra curador la relacionaba solo con museos. Los curadores en los museos son responsables por las colecciones y por las presentación de las exibiciones. Ahora tenemos esta nueva clase de curadores, tenemos los biocuradores que realizan su labor en las bases de datos de contexto biológico. Ellos son la última garantía de que la información contenida en la base de dato reune la mas minima calidad.
Originalmente las bases de datos se inplementaron como simples repositorios de información con algunos mecanismos elementales de búsqueda, pero con el tiempo han evolucionado a sistemas altamente integrados y complejos que permiten llevar a cabo operaciones e implementar algoritmos que nos reportan nuevas informaciones y relaciones anteriormente desconocidas. En este punto los biocuradores son nuestra última linea de defensa, en definitiva nuestros resultados bioinformáticos van a ser tan buenos como la información contenida o que se añade a la base de dato. Ellos son nuestros heroes anónimos. Aun recuerdo mi profesor Suchner en la asignatura de base de datos, su famoso GIGO slogan, Garbage in-Garbage out, es necesario aun en los escenarios mas elementales de uso de base de datos el control de la calidad de la data que se incorpora, porque lo que obtengamos después, sea el resultado de la operación mas elemental es directa consecuencia de la calidad de la información contenida en la base de dato. Desgraciadamente muy pocos conocen o reconocen el trabajo incansable y abnegado de estos curadores de biodata. Ellos son los enforzadores de los parametros de calidad y rigurosidad de la información que es sometida y añadida diariamente a los repositorios biológicos. Gracias a ellos los resultados de nuestras operaciones con bases de datos biológicas tienen un mayor grado de solidez y confiabilidad. Ellos trabajan desde la anonimidad, jugando un papel protagónico en la ciencia y carecen del glamour holliwodense de algunos académicos que solo hablan @&^&^*^&* y obtienen jugosos grants y publicaciones .
Incluyo la publicaciones Biocurators: Contributors to the World of Science y The Biocurator: Connecting and Enhancing Scientific Data ambos artículos provenientes de los PLoS de Biología Computacional.
Citation: Bourne PE, McEntyre J (2006) Biocurators: Contributors to the World of Science. PLoS Comput Biol 2(10): e142. doi:10.1371/journal.pcbi.0020142
Citation: Salimi N, Vita R (2006) The Biocurator: Connecting and Enhancing Scientific Data. PLoS Comput Biol 2(10): e125. doi:10.1371/journal.pcbi.0020125
El virus llamado SIV, siglas que provienen de su nombre en inglés Simian immunodeficiency virus es un retrovirus que es encontrado, en varias formas en primates, las cepas específicas que afectan a los humanos son HIV-1 y HIV-2, los virus que conocemos causan el AIDS en el hombre. Existe un concenso en la comunidad científica que el origen del HIV es sin duda relacionado al SIV existente en los primates Africanos.Es una posibilidad que el virus SIV infectó al primer ser humano via relaciones sexuales pero los científicos creen que es más probable que la trasmisión haya ocurrido por vias de contactos entre laceraciones y heridas entre las dos especies. En realidad ha quedado bien establecido que la via mas probable de transmisión del HIV-1 a los humanos está relacionáda a contactos con sangre de chimpacé que son cazados en Africa. Existe un buen entendimiento de la historia evolucionaria del virus SIV y del proceso que dió origen al HIV-1 Y HIV-2. Lo que permanece de algun modo elusivo es por cuanto tiempo el virus SIV ha estado circulando en primates antes de su transmisión a la población humana. En este estudio se ha usado técnicas de relog molecular para estimar el tiempo en que surgieron las variedades de SIV que dieron origen al HIV-1 y HIV-2.
Citation: Wertheim JO, Worobey M (2009) Dating the Age of the SIV Lineages That Gave Rise to HIV-1 and HIV-2. PLoS Comput Biol 5(5): e1000377. doi:10.1371/journal.pcbi.1000377
La dinastía de los reyes Hasburgos en España mantuvieron un patrón de matrimonio entre familiares que incluyó matrimonios entre primos primeros, tios y sobrinas y demás tipos de uniones entre familiares muy cercanos genéticamente. En la historia siempre se ha especulado si este patrón de conducta no fué el motivo de la decadencia y posterior extinctión de la dinastía cuando Carlos II , enfermo y mentalmente incapacitado , murió en 1700 sin descendencia . Con este evento la dinastía terminó su protaganismo histórico en España. En este estudio se hace un análisis biológico computacional sobre esta idea comunmente sostenida que los matrimonios entre familiares cercanos dentro de la dinastía es responsable de su desaparición. La publicación está escrita en lengua inglesa y es resultado de una extensa investigación realizada en la Universidad de Santiago de Compostela, este papel fue sometido al PLoS lo que me permite publicarlo libremente en mi blog. Recuerden que soy un ferviente seguidor de los principios del PLoS, no olvido mis tiempos en Graduate School en los que tenia que pagar por obtener publicaciones , en ocasiones de muy cuestionable valor científico.
La pandemia de 1918 fue un desastre global, responsable por la muerte de alrededor de 40 millones de personas. Un total el 2,5% de la población mundial falleció y un 15 % sufrió de este subtipo del virus de la gripe, científicamente denominado H1N1.
Paradójicamente lo que podemos denominar “paciente cero” o primer contaminado fue registrado en Kansas, el 11 de Marzo de 1918, la enfermedad fue categorizada y llamada popularmente como “Gripe Española” ya que España, al no ser miembro partícipe en la primera Guerra mundial, optó por una política informativa transparente y fue el país que más reportó los casos de este virus. Los otros países involucrados en la guerra temían desmoralizar a sus tropas y poblaciones repectivas reportando la verdadera extensión de la pandemia, asi que optaron por minimizar o trivializar la información sobre su verdadera extensión . De este modo, frente a la opinión mundial, España parecía ser el origen de la pandemia. Nada más alejado de la verdad histórica, pero este es el modo en que la historia trabaja. En realidad , tal parece que los primeros casos fueron reportados alrededor de Kansas, Estados Unidos, pero esto tampoco puede ser considerado una certeza histórica.
La inmensa mayoría de los muertos fueron individuos jóvenes y saludables. Las influenzas convencionales afecta más severamente a niños ,a viejos y personas debilitadas debido al hecho de que poseen un sistema inmunológico mucho mas vulnerable. Esta influenza contra todo lo conocido y esperado fue especialmente letal entre jóvenes saludables. Una explicación comunmente aceptada por la comunidad científica de este hecho, es que las personas jóvenes poseen un sistema inmunológico extremedamente reactivo. Se cree que la reacción o respuesta inmunológica a la agressión viral fué tan intensa que pudo ser la responsable de la muerte de muchas personas que estaban supuesta a sobrevivirlo. Basicamente esta situación puede ser descrita en términos simples, un sistema inmunolólogico que esta supuesto a defendernos, reacciona con una respuesta immune tan intensa que no solo ataca al virus sino al mismo sistema que esta supuesto a defender en primer lugar, nuestro cuerpo.
Hoy en día gracias a estudios genéticos altamente controversiales, se puede decir con un alto grado de certeza que una hypercitoquinemia, o “tormenta de citoquinas” constituyó la razón del altísimo índice de mortalidad del virus. Las citoquinas son proteinas que juegan un papel de proteínas de control. Son los agentes inmunológicos responsables de la comunicación intercelular, funciones de proliferación y diferenciación celular, producción y modulación de la secreción de inmunoglobulinas Estas proteinas son producidas,fundamentalmente, por los linfocitos y los macrófagos cuando son activados en un proceso viral. Estas proteinas ejercen una función reguladora en las células que las producen. La acción primaria de las citoquinas es la regulación del mecanismo de la inflamación. Hay citocinas pro-inflamatorias y otras anti-inflamatorias. Durante una “tormeta de citoquinas” un mecanismo de retroalimentación positiva se implementa en el sistema inmunológico, o sea en que la medida que el tiempo y el proceso transcurren , este incremento en la producción de citoquinas se vigoriza y extiende y no mecanismo de inmunoregulación puede romper el ciclo vicioso de producción de citoquinas, el resultado es generalmente fatal.
Pink Terror Hawking de mike barzman en Vimeo. Espectaculares imágenes capturadas en Full HD (1080p) a 1.000 fotogramas por segundo. La cámara utilizada es una Phantom HD Gold que cuesta unos 90.000 euros. § John Nack on Adobe. # Enlace Permanente
Ver vídeo: STIHL - Autumn Calendar STIHL - Autumn Calendar [25 seg.] Simpático producto para promocionar los sopladores de hojas -uno los peores inventos de todos los tiempos, capaz de colocar la suciedad del suelo directamente en lo más profundo de tu fosa lagrimal: el calendario que corta y deja caer sus hojas automáticamente conforme transcurren los días, […]
Sketch-a-Move de Superflux en Vimeo. El video visualiza la idea –se trata por tanto de un modelo conceptual, no de un producto desarrollado– de un juguete que podría ser bastante divertido: las formas que se dibujan sobre el techo del coche determinan los movimientos que esté hará de forma automática para completar circuitos y recorridos. La idea no es nueva […]
Microsiervos en la CGI La Calculadora gráfica inversa de Sam Alexander coge un texto que le das y lo convierte en una fórmula cuya representación gráfica (con algunos ajustes para las formas de ciertas letras) coincide con este texto. ¿Útil? Puede que no, pero… ¿A quien le importa dado el elevado factor geek que tiene? (aunque parece poco recomendable usar l […]
Varios países, entre ellos los miembros de la Unión Europea, llevan desde 2008 negociando el tratado ACTA, o Anti-Counterfeiting Trade Agreement, a instancias de los Estados Unidos. Este tratado, al menos en teoría, tiene como objetivo el luchar contra la fabricación, tráfico, y venta de objetos falsificados, pero dado que las negociaciones se mantienen en s […]
Maremoto de 2010 / NOAA La imagen de arriba es un modelo informático del NOAA que visualiza el maremoto provocado por el terremoto de Chile del pasado 27 de febrero (magnitud 8,8). Las zonas más oscuras de la imagen (negro, gris, violeta, rojo,...) representan la mayor intensidad de las olas o masas de agua desplazadas. Posteriormente los investigadores apli […]
Snapshot of the International Space Station - DLR La imagen del día de la NASA de hoy es una obtenida hace casi dos años por el satélite TerraSAR-X del Centro Aeroespacial Alemán cuando la Estación Espacial Internacional pasó por su campo de visión a unos 195 kilómetros de distancia a una velocidad relativa de 34.450 kilómetros por hora. Este satélite utiliz […]
Hace unos días fue noticia el caso de un matrimonio surcoreano arrestado por la policía de su país tras permanecer varios meses huido después de que su hija de tres meses muriera de inanición. Al parecer, apenas la cuidaban y solo le daban un biberón al día, prefiriendo en su lugar pasar el tiempo en un cibercafé jugando en Internet. El que, por lo visto, su […]
Que si cambio climático, que si debemos tomar medidas, que si es muy difícil… Mira: la Naturaleza se debe respetar, porque ella no perdona.– escuchado a un campesino # Enlace Permanente
Todas las semanas recibo por correo electrónico una presentación de esas en la que me cuentan que con la cebolla se pueden curar todas las enfermedades del mundo o que si la envío a todos mis amigos me haré rico. Hoy he recibido una que las reúne a todas y no me he resistido a enseñársela a todo el mundo...
José María Valpuesta Moralejo, es el director del Centro Nacional de Biotecnología, entre cuyos objetivos destaca la generación de conocimientos y tecnologías que puedan ser transferidas a las empresas.
Canonical Webinars to Highlight Untapped Market Potential for ISVs LONDON, March 2, 2010 – Canonical Ltd., the company behind Ubuntu, announced a program for the ISV community – including a series of webinars -- to highlight the benefits of certifying software on the the long term support version of Ubuntu 10.04. read more
FAULKNER HOSPITAL PATHOLOGIST The Department of Pathology at Faulkner Hospital is seeking a full-time Board certified Pathologist with appropriate sub-specialty training and established skills in diagnostic Anatomic/Surgical Pathology services and the Clinical Laboratories (including the Blood Bank). Faulkner Hospital is a 150-bed community hospital located […]
Post-doctoral Scientist for Physiological Modeling to predict Human Drug Absorption Who we are At Roche, 80,000 people across 150 countries are pushing back the frontiers of healthcare. Working together, we’ve become one of the world’s leading research-focused healthcare groups. Our success is built on innovation, curiosity and diversity, and on […]
A PhD position is available at the Gene Center Munich in the Emmy Noether research group of Dr. Petra Wendler beginning Summer 2010. The Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) funds the position for 3.5 years according to BAT IIa/2. Our lab is interested in the conformational dynamics of multi-subunit ATPase complexes of the AAA+ (ATPases associated with vari […]
POSTDOCTORAL FELLOW POSITION IN SYSTEMS BIOLOGY/COMPUTATIONAL BIOLOGY BETH ISRAEL DEACONESS MEDICAL CENTER/HARVARD MEDICAL SCHOOL The BIDMC Genomic, Proteomics and Bioinformatics Center is recruiting a research fellow in Systems Biology / Computational Biology. The BIDMC Genomics, Proteomics and Bioinformatics Center has an interdisciplinary team of highly e […]
Beckman Coulter develops, manufactures and markets products that simplify, automate and innovate complex biomedical testing. Our diagnostic systems are found in hospitals and other critical care settings around the world and produce information used by physicians to diagnose disease, make treatment decisions and monitor patients. Instruments for life science […]
Department of Health and Human Services National Institutes of Health National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism A postdoctoral fellow position is available to study the role of cytokines and innate immunity in liver diseases. Candidates motivated to study liver immunology and with experience in flow cytometry, small animal surgery, molecular biology […]
The Lancet is the world’s leading independent general medical journal. The Lancet Infectious Diseases is a lively monthly journal of review, opinion, and news covering international issues relevant to clinical infectious diseases specialists worldwide. The Lancet Infectious Diseases is just one of Elsevier’s prestigious journals and forms part of […]
The MSc in Biophotonics is a unique programme offering innovative training at the interface between laser optics, cell biology and medicine. Whether you are an emerging researcher or plan a future in a Biophotonics-related industry, we can provide the fundamental understanding and hands-on experience necessary for work in this rapidly developing field. Much […]
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Associate Professor of Sustainable Resource Management Sustainable Resource Management covers a wide range of scientific fields in the area of economic and organizational research. Starting from the perspective of human resource management, it extends its focus also to aspects of non-financial resource and capital management, like social capital and knowledg […]
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A post-doctoral research position is available to study the role of Polycomb-group proteins (PcG) in B-cell development, immunity and lymphomagenesis. Using conditional gene targeted mice, the laboratory studies the mechanism(s) of action of PcG proteins and their modulators, in the establishment and maintenance of B-cell subsets, B-cell identity/plasticity […]
The Institute for Storage Ring Facilities invites applications for an 24-month position in experimental surface physics. The position is open from April 1st, 2010. The desired area of specialization is high-resolution angle-resolved photoemission with synchrotron radiation on the local source ASTRID and the upcoming ASTRID2. A particular focus will be experi […]
*Full Professor of Electrical Systems for Energy * The research field of energy systems has to be developed in the direction of the management, automation and reliability of the single electrical components of the energy chain concerning the production, distribution and utilization phases. Teaching and research activities focus on the energy production syste […]
Job Description: 1) Works in conjunction with Group Lead to establish project goals consistent with business unit goals. 2) The successful candidate is expected to establish agricultural entomology facilities including but not limited to rearing of multiple pest species of important crops, screening transgenic plants for bioefficacy designing experiments for […]
Job Description: 1) Unit head of Biotech Research to look after the entire team of scientists. 2) Able to form and lead a team in a novel drug research project with a patent and technology in place. 3)Should have experience in chimeric protein development. 4) Hands on experience in protein purification would be an advantage. Candidate Profile: 1) At least 10 […]
Job Description: 1) Marketing of diagnostic Products like RAPID, ELISA, Serology etc. 2) Customer Management. Candidate Profile: 1) Science graduates with MBA in marketing and 10-15 years of experience. 2) Should have good command in communication, proven track record in marketing and managing the marketing force.
The group is located at the Centre for Molecular Medicine, CMM. at the Solna Campus of the Karolinska University Hospital. The work in our group is focused on unravelling the pathogenesis of psoriasis integrating genetics, epidemiology and immunobiology. The work bridges the gap between skin research conducted in a clinical setting and contemporary laborator […]
The Institute of Food Research is seeking applications for a Research Assistant to work in the Department of Integrated Biology of the Gastrointestinal Tract. The main goal of this post is the development of an experimental model suitable for deep tissue real-time multiphoton imaging of the gut. Multiphoton imaging techniques will allow fundamental questions […]
Cuando pretendemos estudiar la evolución biológica nos enfrentamos a un obstaculo desalentador, la evolución es extremadamente lenta y por ende es imposible reproducirla en nuestros laboratorios en nuestras cortas vidas. Como estudiar un fenómeno que ha ocurrido en el marco de eras geológicas en nuestros limitados periodos de vida. Por decadas hemos realizados experimentos con organismos de corto periodo de vida y alto nivel reproductivo , o sea hemos estudiados organismos que proveen cientos de generaciones en un corto periodo de tiempo. También hemos trabajado con microorganismos como bacterias que se reproducen a una velocidad altisima pero estos experimentos toman también tiempo, son complejos en su implementación , en particular la data que buscamos es tremendamente dificultosa de obtener y además es dificil de hacer un buen trabajo estadístico en el ambiente bacterial. Las respuestas que hemos obtenidos en esos estudios son basicamente asociados a la microevolución , pero nada significativo hemos podido obtener en torno al sensitivo tema de la macroevolución. Tal parecería que la evolución quedaria para siempre recluida a las area de la obervación y discusiones teóricas. La repuesta a estas limitaciones para hacer experimentos en torno a la evolución biológica están en el uso de la simulación digital y en el desarrollo de algoritmos que simulen el proceso evolutivo y su implementación efectiva como softwares. Dado lo complejo del proceso de evolución biológica, el inmenso número de variables envuelto en el proceso, nuestra ignorancia parcial de la interacción de esas variables unas con otras, y otros factores vitales en la evolución que solo conocemos parcialmente su accionar me temo que la obtención de un modelo y algoritmo que reproduzca fielmente a la evolución es imposible por ahora. Pero si creo que en la medida que ganemos entendimiento de este proceso evolutivo, y el software sea enriquecido y corregido en algún error, nuestra simulaciones y algoritmos podrán mejorar y rendir mejores resultados y predicciones.
MSU Digital Evolution Laboratory (Devolab)
Escrito por Rubén 
Un prión es una proteina que se conduce como un agente infeccioso. Es importante entender que los priones son proteínas, no virus, por ende no tienen genoma.La proteina en si no se replica o crea copias de su versión deformada.Se ha encontrado que las proteinas que se conducen como priones mantienen estructuras primarias intactas pero algo está dramaticamente alterado en su estructura secundaria / terciaria y por ende tienen una configuración espacial anormal y por esa razón no pueden cumplir su cometido biológico normal. Son agentes patógenos formadospor una proteína llamada PrP .Su actividad anormal producen entre otras condiciones, la enfermedad de las “vacas locas” o encefalopatía bovina espongiforme. Esta proteína se acumula en el cerebro de animales enfermos , dando lugar a la estructura esponjosa de la corteza cerebral que da nombre a la enfermedad. Las enfermedades producidas por priones, tienen un comportamiento atípico, se transmiten verticalmente lo cual es no predecible , como cualquier enfermedad hereditaria típica, mientras que por otro lado se comportan de manera infectiva, transmitiéndose horizontalmente lo que si es predecible, mediante contagios que pueden darse entre individuos de distintas especies. El mecanismo por el cual la infección se propaga está intimamente relacionada con la acción del prión al entrar en contacto con las proteínas normales o sea de configuración secundaria / terciaria regular, este contacto induce a las proteinas normales adoptar la forma anómala del prión, mediante un mecanismo bioquímico todavía desconocido por la comunidad científica. Está plenamente correlacionado que configuraciones anormales de la proteina PrP esta intimamente relacionada con los desordenes y con la neurodegeneración propias de las enfermedades producidas por priones. Es importante notar que la función fisiológica de la proteina PrP en su estado normal es pobremente entendido. Las ratas de laboratorio que han sido desprovisto del gen que codifica por la proteina PrP no desarrollansintomas de enfermedades asociadas a priones aun en condiciones de desarrollarlas. Esta evidencia nos sugiere de modo contudendente a pensar que la patogénesis de la enfermedad no este tan asociada a la conversión de la forma natural de la proteina a la deformada en su estructura espacial. Me parece que este artículo no debe ser obviado por nadie interesado en el tema de los priones y las enfermedades que se derivan de estas proteinas alteradas en su estructuras espaciales.
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Durante estos últimos años la biologia ha generado volumenes inmensos de información, tanto genética como de otra clases. La biologia computacional nace como consecuencia de esa acumulación de data, es imperativo para la biología moderna el analisis e interpretación de toda esa información. Respuestas fundamentales en la biologia han sido obtenidas de el analisis de volumenes de información acumulados por años.
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Rubén
