Noviembre 22, 2009

Diseño inteligente versus Evolución Darwiniana


Esta es la clase de posting que he evitado a toda costa incluir en mi blog. La razón por lo cual lo he evitado es muy simple, es un tema polarizante y en la mayoría de las ocasiones la racionalidad deriva a pasión rapidamente. Hay ocasiones en la que una simple pregunta en torno a mi opinión en un tema, precipita un posting. Este es un caso de estos, una simple pregunta precede la presentación de un tópico. Imagino que ese es uno de los componentes de la lógica de un blog. Este posting es en torno al debate Evolución Darwiniana versus Diseño Inteligente. Este es un debate reciente, polarizador e intenso y lamentable al menos por sus consecuencias en algunas instancias. Estas tristes instancias pueden ser presentadas en un posting, instancias verdaderamente lamentables y empobrecedoras. Lo primero que debemos entender es que ambas ideas son extremadamente viejas. Darwin no creó la idea de la evolución, aún su propio abuelo Erasmo Darwin presentó la noción de la evolución en su libro Zoonomia y en el poema El templo de la naturaleza. El mérito de Darwin solo consiste en proveer un mecanismo por el cual ocurría la evolución, este mecanismo es la selección natural. Las nociones de Diseño Inteligente también son extremadamente viejas, William Paley las presentó de modo formal en su libro Teología Natural siglo atrás. Este es un nuevo y apasionado debate en torno a viejas nociones a la luz de nuevas evidencias. Mi opinión ya es conocida por algunos, soy un proponente del Diseño Inteligente, con eso basta por ahora y no hay verguenza alguna. Sentiría verguenza por ser intolerante con otros que no comparten mi opinión, sentiría pena de ser un inquisidor de estos tiempos, hay otros que disfrutan con ofender a los que se atreven a disentir con el Establishment Darwiniano. He sido acusado por algunos colegas de creacionista e ignorante y de querer propagar ideas religiosas, nada más ajeno a  la verdad. En realidad no tengo ninguna idea original que pueda aportar o presentar en este debate fundamental. Solo les puedo presentar las nociones más simples que manejan ambos campos. Este debate no necesita de mi concurso para existir, yo solo lo puedo comentar y atreverme a tomar posición en uno de sus campos antagónicos . Por ahora, a modo de introducción les proveo un documento de excelente calidad que presenta las opiniones de los principales protagonistas de este debate. Nadie mejor que ellos para hablar, sus verdaderos protagonistas.

Descargue el documento completo en formato PDF desde mi blog

Richard Milner y Vittorio Maestro son editores de la revista Historia Natural (Natural History), la cual es publicada por El Museo Americano de Historia Natural. El museo fue creado en 1869 en la ciudad de Nueva York, EEUU. La revista fue establecida en 1900.
http://www.naturalhistorymag.com

Michael J. Behe, quien recibió su Ph.D. en bioquímica de la Universidad de Pennsylvania en 1978, es profesor de ciencias biológicas en la Universidad de Lehigh en Pennsylvania. Sus investigaciones recientes se concentran en el papel del diseño y la selección natural en la construcción de proteínas estructurales. Su libro La Caja Negra de Darwin: El Reto Bioquímico a la Evolución se encuentra disponible en pasta blanda (Touchstone Books, 1998)
http://www.lehigh.edu/%7einbios/faculty/behe.html

Kenneth R. Miller es profesor de biología de la Universidad de Brown. Sus trabajos de investigación en la estructura y función de la membrana celular han sido publicados en tales revistas científicas como Nature, Cell y el Journal of Cell Biology. Miller es coautor de varios libros de texto ampliamente utilizados a nivel de colegio y de universidad. En 1999 publicó Buscando al Dios de Darwin: La Búsqueda por un Científico del Espacio Común entre Dios y la Evolución (Cliff Street Books).
http://bms.brown.edu/faculty/m/kmiller/

William A Dembski, quien tiene un Ph.D. en matemáticas y filosofía, es profesor asociado de investigación en la Universidad de Baylor y Senior Fellow del Discovery Institute en Seattle. Sus libros incluyen: La Inferencia del Diseño: Eliminando el Azar a Través de Pequeñas Probabilidades (Cambridge University Press, 1998) y Sin Almuerzo Gratis: Por Qué la Complejidad Especificada No Puede Ser Obtenida Sin Inteligencia (Rowman & Littlefield, 2001).
http://www.designinference.com/

Robert T. Pennock es profesor asociado en estudios de ciencias y tecnología y profesor asociado en filosofía en la Escuela Lyman Briggs y en el Departamento de Filosofía de la Universidad Estatal de Michigan. Él es autor de Torre de Babel: La Evidencia en Contra del Nuevo Creacionismo (MIT Press, 1999) y editor de Creacionismo por Diseño Inteligente y sus Críticas: Perspectivas Filosóficas, Teológicas y Científicas (MIT Press, 2001).
http://www.msu.edu/~pennock5/

Jonathan Wells recibió dos doctorados, uno en biología celular y molecular de la Universidad de California en Berkeley y uno en estudios de religión de la Universidad de Yale. Ha trabajado como investigador postdoctoral en biología en la Universidad de California en Berkeley y ha enseñado biología en la Universidad Estatal de California en Hayward. Wells es también el autor de Íconos de la Evolución: ¿Ciencia o Mito? Por Qué Mucho de lo que Enseñamos Sobre la Evolución está Equivocado (Regnery Publishing, 2000).
http://www.arn.org/authors/wells.html

Eugenie C. Scott posee un doctorado en antropología física. En 1978, después de enseñar antropología física por quince años a nivel universitario, aceptó el cargo de director ejecutivo del Centro Nacional para la Educación en las Ciencias. Ella es también presidente de la Asociación Americana de Antropólogos Físicos.
http://en.wikipedia.org/wiki/Eugenie_Scott

Barbara Forrest es profesor asociado de filosofía en la Universidad de Southwestern Louisiana. Ella recibió su doctorado de la Universidad de Tulane. Entre sus publicaciones académicas recientes se encuentran “La Posibilidad de Significado en la Evolución humana,” en Zygon: Journal of Religion and Science, Diciembre 2000.
http://www2.selu.edu/Academics/Faculty/bforrest/

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Noviembre 21, 2009

El epitafio de Paracelsus

Trás unos breves días de forzada tranquilidad en mi blog, estoy de vuelta con el epitafio de Paracelsus. Un epitafio es el texto que honra al difunto y normalmente está inscrito en la lápida o placa de la tumba. Tradicionalmente un epitafio está escrito en verso, pero hay excepciones. Se han conocido muchos poetas que han compuesto su propio epitafio. Algunos epitafios contienen ecuaciones y hasta problemas verbales matemáticos , esta clase de epitafios son altamente inusuales. En postings anteriores he mostrado esta clase inusual de epitafios generalmente pertenecientes a hombres de ciencia, no es nada nuevo en mi blog. En este caso, trás una búsqueda minuciosa he encontrado  la tumba y el epitafio de Paracelsus. Esperaba encontrar algo tan hiperbólico como su propia vida, llena de exageraciones, alegaciones asombrosas e inmodestia. Para mi asombro el epitafio es muy comedido , y para la época nada pretencioso. Es importante entender que uno de los rasgos más notables del carácter de los protagonistas del renacimiento era la ausencia de modestia y un afán insaciable de mostrar sus talentos y logros en todo momento y a toda costa. Constituía este rasgo uno de los signos más notables de la época. Me asombra que en la muerte Paracelsus haya optado por una relativa modestia y por recuperar su nombre original, Philippus Theophrastus . En la muerte recuperó su nombre original. En su epitafio mostró la humildad y sencillez que no pudo mostrar en vida. Tampoco hay referencias al homunculus. 

Conditur hic Philippus Theophrastus Insignis medicina doctor qui dira illa vulnera lepram podagram hidroposim allaq insanabilia corporis contagia mirifica arte sustulit ac bona sua in pauperes distribuenda collocanq honeravit anno MDXXXXI die XXIIII Septembris vitam cum morte mutavit. Pax vivis requies aeterna sepultis.

Aquí yace Philippus Theophrastus famoso doctor en medicina, que curó aquellas terribles heridas, la lepra, la gota, la hidropesía y otras graves enfermedades del cuerpo, con arte maravillosa. Regaló sus bienes para ser distribuidos entre los pobres. En el año 1541,el  día 23 de septiembre cambio la vida con la muerte. Paz a los vivos y descanso eterno a los difuntos.

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Noviembre 16, 2009

El segundo principio de Pauli

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Pauli

Ernst Pauli es contado sin lugar a dudas y con toda justicia entre los padres fundadores de la mecánica cuántica. Para los que han estudiado algo de química o física avanzada,  el nombre de Pauli es asociado automaticamente  al Principio de Exclusión, principio angular para entender la conducta y dinámica de los electrones en un átomo. Este principio es una de las pocas cosas que recuerdo de mis tiempos de estudiante de química en Cuba, de este recuerdo infiero su importancia, a este punto de mi vida ya he olvidado un gran número de principios químicos, pero a Pauli aún lo recuerdo. Este principio no solo aplica a electrones, sino a fermiones en general, que son partículas elementales que poseen estados cuánticos antisimétricos y espines semienteros. Son también fermiones los protones y neutrones. Este principio plantea que no es posible que dos electrones u otra clase de fermiones en un átomo puedan poseer el mismo nivel energético, posición u otros números cuánticos identicos. De modo más simple y general  este principio puede ser expresado que no puede haber dos particulas en un átomo en el mismo estado cuántico , entendiose por estado cuántico al conjunto de número cuánticos que posee una partícula. Pauli es también conocido en los predios académicos por un segundo principio, no tan científico y menos afortunado para él, ciertos colegas le atribuían a Pauli la rara virtud de averiar sin intención alguna equipos de laboratorio. Es importante entender que este “principio” expresaba que no era  necesario manipulación física alguna de estos instrumentos por Pauli para validarse , solo bastaba su presencia. Acorde a otra teoría más radical la proximidad física de Pauli en un laboratorio presagiaba la destrucción de algún aparato científico, dispositivo mecánico e inclusive alguna desgracia humana. Me suena asombroso, que en un ambiente como los predios académicos, donde debe prevalecer la racionalidad coexista una idea irracional que califica entre la más absurdas de las supersticiones. El segundo principio de Pauli puede ser reducido en términos simples a:  la cercanía física de Pauli a instrumentos científicos puede ser garantía de su rotura o malfuncionamiento. Irracionalidad en su máxima expresión. Originalmente pensé que se trataba de una broma, más tarde, en mis lecturas, descubrí que si existía un concenso entre sus colegas en torno a la peligrosidad de Pauli. Desconocía la reacción de Pauli a esta noción, pero investigando, para mi asombro, encontré que Pauli estaba convencido de que el efecto que lleva su nombre era real y  aún más, el mismo Pauli disfrutaba cada ocasión en la que supuestamente se manifestaba su “nefasta influencia”. Es un hecho registrado y bien conocido que su gran amigo y  físico experimental Otto Stern le rogó a Pauli que no se acercara a su laboratorio.  Se dice que en una ocasión ocurrió una  explosión en el Departamento de Física de la Universidad de Berna, Pauli no estaba en la Universidad en ese momento. Eventualmente se descubrió que este catastrófico evento había coincidido con el paso por la ciudad de un tren que llevaba a Pauli a su casa en Zurich. Esta historia no la he podido verificar independientemente, y me suena a @#$%^&^& , personalmente no creo que haya algo de verdad en esto.  Es un hecho, que estando de visita en la Universidad de Princeton, el ciclotrón de la universidad casi es destruido por un incendio y que el aceptó estoicamente su responsabilidad pese a que estaba a más de 500 metros de distancia del sitio, este evento lo he podido confirmar en varias fuentes independientes.

Hendrik Casimir, un cercano colaborador de Pauli, un hombre conocido por su integridad, incluyó en sus memorias el siguiente relato en torno a Pauli y a este supuesto Segundo Principio:

Heitler, que daba una conferencia sobre la teoría del enlace homopolar, excitó inesperadamente su ira: el caso era que a él le disgustaba fuertemente esta teoría. Apenas había acabado Heitler, Pauli se dirigió a la pizarra en un estado de gran agitación y caminando de un lado a otro empezó irritado a expresar su disgusto mientras Heitler se sentaba en una silla en un extremo de la tarima. “Para grandes distancias”, Pauli explicó, “la teoría es ciertamente falsa puesto que tenemos atracción de Van der Waals; a cortas distancias, obviamente, también es completamente falsa”. En este momento había llegado al extremo de la tarima opuesto a donde estaba sentado Heitler. Dio la vuelta y ahora se dirigía caminando hacia él, apuntando amenazadoramente en su dirección con el trozo de tiza que mantenía en su mano y le dijo: “¡Y ahora se afirma, apelando a la credulidad de los físicos, que esta aproximación, que es falsa a grandes distancias y es falsa a cortas distancias es, pese a todo, cualitativamente verdadera en una región intermedia.!” Ahora estaba muy cerca de Heitler. Éste se recostó repentinamente, el respaldo de la silla se rompió con gran estrépito, y el pobre Heitler se cayó hacia atrás (felizmente sin lastimarse demasiado). Casimir, que estaba allí, señala que George Gamow fue el primero en gritar: “¡Efecto Pauli!”. Y luego añade: “A veces me pregunto si Gamow no le había hecho algo a la silla antes de empezar”.

Personalmente no creo que este “segundo principio de Pauli” sea real y lamento realmente que un hombre de la talla intelectual de Pauli se lo haya creido. Quisiera decir lo contrario, pero toda la evidencia apunta a que Pauli si aceptaba poseer una influencia nefasta sobre equipos de laboratorio.

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Noviembre 15, 2009

La genética de un “Idiot savant”

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Este es un artículo originalmente encontrado en ActionBioscience.org ,  lo incluyo en mi blog por su altisima calidad, pese a que no es práctica usual reproducir materiales de otras fuentes en mi sitio, me decidí a hacerlo. Los materiales de los PLoS que han sido reproducidos responden plenamente a uno de los propósitos fundamentales de este blog, apoyar a esta loable iniciativa.  La genética del autismo es algo que siempre me ha interesado, me propuse escribir en torno al tema semanas atrás, pero esta entrevista me parece que supera con creces cualquier intento mio. El autor y información de contacto son citados apropiadamente al final del artículo. Incluir artículos de alta calidad en mi blog,  provenientes de otras fuentes no es común pero si es plenamente consistente con la política de este.

Leslie Lemke da conciertos de piano virtuosos, a pesar de ser ciega, con parálisis, y ligeramente retardada. Después de escuchar una pieza musical, familiar o no, tocada o cantada por un miembro de la audiencia, Lemke puede no solo reproducirla perfectamente (incluyendo cualquier error que la persona lanzando el reto pueda haber hecho) sino también tocarla en un repertorio predefinido de varios arreglos composicionales.

Al darle cualquier fecha del calendario, ya sea 5 de Mayo de 1912 o Navidad del 8688, (John y Michael) pueden calcular instantáneamente el día de la semana para esa fecha, tomando en cuenta hasta los años bisiestos.

Estas y otras increíbles hazañas mentales, como por ejemplo la contada de los palillos de dientes y la memorización de la guía de teléfonos mostrada por Raymond Babbit, protagonizado por Dustin Hoffman en la película Rainman, son características del síndrome del “savant” (también conocido como autista inteligente o “idiot savant”), un tipo raro de sabiduría o brillantez mental a veces asociado con el desorden mental del autismo. Desafortunadamente, los autistas inteligentes o savants, así como los más comunes autistas no savant, poseen características del desorden que les hacen prácticamente imposible llevar una vida llena independiente.  Afortunadamente, un examen de rutina que se le da a cada niño que nace en los Estados Unidos puede detectar la PKU al nacer y una dieta especial que elimina la fenilalanina puede prevenir.

pdf20Descargue el documento completo en formato PDF desde mi blog

Michael J. Dougherty, Ph.D., trabaja para el Departamento de Biología del Hampden Sydney College en Virginia. Él ha publicado artículos de investigación y educación y ha sido coautor de varios libros de texto en biología general y molecular y en genética del comportamiento. Sus intereses incluyen la genética del comportamiento, la estructura de las proteínas, la educación en ciencias y el entendimiento del público sobre la ciencia.
http://www.hsc.edu/academics/biology/dougherty.html

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Noviembre 14, 2009

Ubuntu 9.10 y sus problemas

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Dicen que segundas partes nunca han sido buenas. Esta máxima ha resultado ser no completamente real, al menos para mí en esta instancia particular que describo en torno a Ubuntu 9.10. Bueno anteriormente , en unos de mis postings expresé mi frustración y sorpresa ante todo los problemas que enfrenté con la nueva versión de Ubuntu, la  9.10. Describí las pantallas negras, los problemas con el shutdown,  el login impredecible y mostré un poll que de algún modo soportaba mi experiencia. Todo lo que describí fue absolutamente cierto y consistente con la experiencia de una comunidad. A varios amigos, les he contado , que yo me autodefino como el San Pablo del Linux, que lo odié primeramente a muerte, aún recuerdo mis primeras experiencias con Linux, instalaciones horrendas, los drivers ni hablar, softwares pocos fiables, en fin todo lo que no queria ver ni necesitaba en un sistema operativo. Eventualmente vine a apreciar y reconocer las virtudes y ventajas del Linux con el paso del tiempo. Soy de la clase de hombre que no disfruto resolver problemas, para mí la computacion no es un fin , sino un medio o instrumento para abordar propósitos superiores, aunque tengo un background apropiado por mi educación formal que me permite programar,  pero rechazaba y aún rechazo la noción de que un megabug aparezca en mi sistema operativo y yo tenga que dedicar tiempo e ingentes recursos para identificarlo y resolverlo, no es lo mio, no hay suficiente paciencia en mi para esto. Anteriormente me autodescribí como un San Pablo con relación al Linux, yo no iba camino a Damasco cuando una voz me derribó del caballo, de hecho nunca he montado un caballo, lo que me convenció fue la progresión de Linux hacia formas amigables sin hacer alguna clase de concesión en cuanto a lo distintivo y fundamental. Cuando me refiero a progreso, me refiero a un sistema operativo,que se vuelve facil de instalar, robusto, estable, aunque en cuanto a robustez y estabilidad siempre lo fué, de repente el Linux comenzó ser algo posible para mí, no constituía un reto ni riesgo alguno sino una opción más en mi arsenal. Todo lo que distinguía al Linux como algo superior se mantuvo o incrementó durante esta progresión, es algo raro no hacer concesiones para ganar público o espacio, Linux optó por asumir esa posición y triunfar. Normalmente en cualquier empresa humana usted se gana una audencia más grande haciendo concesiones que podían haber desnaturalizado al Linux, eso no ocurrió y distingue al Linux y me hace admirar a los protagonistas que optaron el camino difícil, mantener lo grande de Linux, y mejorar lo que lo hacia un sistemas operativo extremadamente engorroso de instalar y operar. Paralelamente gran parte del software para Bioinformática comenzó a compilarse para Linux , muchas de las aplicaciones  contenidas en portales de la internet, estaban disponibles para distros de Linux, de más está decir que ese fue mi momento de aceptar que el Linux era necesario y que era un sistema operativo válido y pujante.  Ubunto vino a poner final a mi conversión, un producto que se autodenomina para humanos, una versión de Linux para uno como yo, que quería todas las ventajas de un sistema como UNIX sin rompecabezas y horas de sufrimiento. La experiencia con este producto de más está decir que fue magnífica y de repente me vi en las huestes de Linux, comprando libros, participando en forums y  sosprendiendo más de un amigo en el proceso. Ya esta altura me convertí en especie de un apostol de los gentiles, no solo acepté Ubuntu plenamente como un sistema operativo superior, sino que comencé mi labor proselitista. Cuando instalé la versión 9.10 de Ubuntu, realmente no hice un “full installation” sino un “update”, creo que ese es el origen de los problemas que enfrenté, no hay disculpa que exima a Canonical de estos problemas, ni creo que se me pueda achacar alguna clase de torpeza particular de mi parte, en definitiva Canonical proveyó el mecanismo de “update” y en este proceso se crearon miles de problemas. Es mi opinión, es que si hacemos  “full installation” de Ubuntu 9.10  disminuimos dramáticamente las probabilidades de enfrentar problemas. Yo instalé Ubuntu 9.10 nuevamente en mi desktop, no hice el update sino la instalación completa y en estos momentos Ubuntu trabaja perfectamente para mí, no hay nada de lo que me puedo quejar, no motivo de tribulaciones y yo con toda fe, proclamo el evangelio que Ubuntu es humano nuevamente, al menos en mi experiencia , por virtud de una instalación completa. Entre mis amistades también los problemas desaparecieron cuando el “update” fue sustituidos por instalaciones completas del sistema operativo, estoy hablando de 4 desktop y una laptop y creo que esto implica una correlación débil pero sostenida entre el proceso de “update” y la aparición de problemas, la correlación inversa muestra que los problemas desparecen y esto es algo a tomar en cuenta. A este punto creo que la mayoría de los problemas provienen del proceso de “update” y que pueden ser corregidos con un “full installation”. No pretendo decir que instalaciones completas de Ubuntu 9.10 garantizen en estos momentos la ausencia de problemas, se que hay problemas en Ubuntu 9.10. No hay balas de platas por el momento. Es importante notar que muchos de los que se quejan de problemas con la nueva versión de Ubuntu, no han ni realmente instalado Ubuntu, han usado el instalador de WUBI, que no crea particiones, ni sistema de archivos, básicamente crea un archivo enorme en Windows, que provee en el Windows Boot Manager la opción de usar Ubuntu como sistema operativo. Creo que deben hacer el  “full installation”, olviden el procedimiento de “update” y WUBI , no creo que deban ser opciones por ahora  y enfrentarán menos problemas, aún así mantengo que Canonical en esta instancia no justificó nuestras expectativas pero también creo que una instalación completa minimiza la probabilidad de enfrentar problemas y que en los próximos meses muchos de estos serán corregidos.

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Noviembre 11, 2009

La peste negra, el HIV y la mutación CCR5-delta 32

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Los mutantes no son personajes de ficción ni son monstruos que le asisten superpoderes y por supuesto ni villanos ni superheroes. La cruel realidad es que muchas personas que sufren mutaciones que no son más que cambios dramáticos en la sequencia de base nitrogenadas de un gen sufren desvastadoras enfermedades,  otros son personas ordinarias y algunos, muy pocos, son extremadamente afortunados cuando la mutacion les provee una ventaja evolutiva que se traduce en sobrevivencia frente a condiciones muy adversas. De hecho no existen mutantes en el sentido estricto de la palabra, solo existen personas que pueden mostrar  o poseer versiones extremadamente inusuales de un mismo gen. Podemos decir de algún modo, que todos nosotros como especie,  de una forma u otra, somos mutantes en un gen u otro, poseemos polimorfismos, o sea, diferentes versiones o alelos de un mismo gen, es esa diferencia polimórfica en mis genes lo que hace que yo sea Ruben y no mi vecino. Es el polimorfismo genético la razón de la inmensa diversidad fenotípica de la especie humana, o sea  genes que se presentan en sequencias alteradas, secuencias todas validas en un gen de un individuo a otro, resultando en diferentes aspectos fisicos, resistencias inmunológicas diversas y hasta inteligencia y conductas disímiles . Recuerden que poseemos 25000 genes nucleares, y en la inmensa mayoría de las ocasiones hay muchas instancias en que un gen se presenta en diferentes secuencias genéticas de individuo a individuo. La pregunta angular es para muchos, cuando un polimorfismo o variación de un gen constituye una mutación , para los biólogos es un criterio simple de establecer, es un asunto de cuan inusual es el polimorfismo, normalmente una variacion dramática, altamente inusual en la secuencia del gen, no común en la población,  y que afecta a la función biológica de la proteina final constituye una mutación. Es mi opinión personal que este último criterio en torno a la proteina y su funcionalidad, un cambio en la sequencia de aminoácidos en la proteina que no permita que esta cumpla su cometido biológico , es el signo inequívoco que una mutación ha ocurrido a nivel genético. Ahora vayámonos un poquito hacia la historia, en plena edad media , la humanidad fue azotada por la llamada peste negra, conocemos de su virulencia y letalidad por relatos,  registros de la época y hasta por los relatos picarescos del Decameron de Giovanni Boccaccio. Fue una plaga, que puede ser calificada con toda justicia de pandemia. Muchos historiadores concuerdan que alrededor de un tercio de la población europea murió como consecuencia de esta enfermedad. No es el tercio que murió lo fundamental de este posting, es el resto de la población que sobrevivió a este terrible flagelo lo que me hace reflexionar intensamente. Inicialmente se asumió, que las clases más pobres y por ende expuestas a precaria alimentación e insalubridad, tuvieran mayor incidencia entre las víctimas fatales, para mi sorpresa los minuciosos registros y relatos de la época para nada confirman esta primera suposición, al contrario estos registros muestran que la enfermedad afectó y mató a lo ancho del espectro social, afectó a pobres y ricos por igual, desde los mas encumbrados nobles y comerciantes con mayores medidas sanitarias hasta los mas sucios y pauperrimos mendigos.Descartada esta suposición inicial que establecía correlaciones entre el estatus social y  mortandad de la enfermedad , es imposible dejar de pensar en genética, evidentemente alguna singularidad inmunológica y genética poseian estos sobrevivientes para salir airosos de esta presion de la selección natural. Por supuesto, lo primero a asumir es una singularidad genética, alguna clase de polimorfismo o mutación que impidió que la enfermedad corriera su curso natural hacia la muerte en pocos dias. Los científicos se propusieron buscar a este polimorfismo entre los descendientes de los sobrevivientes, en áreas donde la plaga impactó con particular virulencia. Ciertas áreas de Inglaterra fueron particularmente afectadas, Londres lo fué de modo singular, pero dado el historial de inmigraciones y movimiento poblacional , esta ciudad no era el mejor lugar para realizar pruebas genéticas, en definitiva, que garantía había que los sometidos a las pruebas procederían de los sobrevivientes originales. Se necesitaba de un pueblo o ciudad, particularmente afectado por este flagelo, donde hubiera habido un pobre movimiento poblacional que garantizara que la población actual era mayoritariamente descendiente de la población que sobrevivió la pandemia. Se necesitaba un pueblo suspenso en el tiempo. Ese pueblo afortunadamente existía y fué encontrado, su nombre es Eyam,  mitad de su población murió a consecuencia de la plaga, y la inmensa mayoría de su población actual provenía de esos sobrevivientes, la inmigración había sido casi nula a lo largo de los siglos, aún más , los pobladores podían trazar su linaje hacia los sobrevivientes de la plaga, justo lo que se necesitaba, un sitio poblado de los descendientes de los sobrevivientes. Si algo inusual existía en el genoma de esta población que les permitió sobrevivir la plaga,  evidentemente sería simple de detectar, bastaba con comparar con poblaciones “normales”. Tras extensos estudios genéticos los científicos fueron capaces de encontrar lo singular, algo inusual había en el gen CCR5, en el cromosoma 3 en esta población directamente vinculada a los sobrevivientes de la plaga. Este gen CCR5 codifica por una proteina que juega un papel esencial en los receptores de las membranas proteicas de las celulas. Una mutación llamada CCR5-delta 32 fue encontrada en número desproporcionadamente alto en esta población directamente descendedientes de los sobrevivientes. Esta mutación básicamente “apaga” o suprime el mecanismos de los receptores de la pared celular impidiendo que virus o bacterias puedan penetrar las celulas. Estudios posteriores mostraron en laboratorio que efectivamente esta mutación confería inmunidad a esta enfermedad. La otra gran sorpresa es que la mutación CCR5-delta 32 también confiere absoluta inmunidad al virus de HIV. Algunas mutaciones son deseables y confieren enormes ventajas evolutivas, no todas nos afligen con terribles enfermedades. Eventualmente esta mutación será mas frequente en el genoma humano, al fin y al cabo es una gran ventaja evolutiva, confiere inmunidad a dos terribles flagelos. Los estudios continuan sobre esta mutación, personalmente no descarto dado el mecanismo de acción de esta proteina mutada que provea inmunidad a otras plagas.

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Noviembre 8, 2009

You can do better Canonical

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Yo fui uno más. Uno más de los que esperé con impaciencia y ansiedad la última version de Ubuntu, Karmic Koala o versión 9.10 . Inclusive instalé en mi PC la versión beta, desde un primer momento pantallas negras y tremorosas comenzaron a ser parte de mi experiencia cotidiana, pero asumí la realidad de que estaba usando una versión Beta y que estos escenarios estaban en el rango de lo que podía esperar y ocurrir, en definitiva estabamos hablando de una  versión del sistema operativo no para producción, inclusive reporté estos bugs al sitio web de ubuntu. Otro problema muy común reportado fue la incapacidad del sistema operativo por reconocer hard drives, yo no enfrenté esta clase de problemas para nada con la versión beta. Esperé que cuando la versión definitiva estuviese disponible, estos problemas tan frecuentes y no tan especificos , sino que ocurrían sobre un amplio espectro de hardwares no estuvieran presentes. Como era de esperarse cuando la versión definitiva y final estuvo disponible asumí que estos problemas no serían parte de la nueva experiencia. En definitiva Ubuntu 9.04 ha probado ser un sistema operativo excelente. Por qué Karmic Koala sería diferente? En todo caso sería mucho mejor, con un nuevo kernel y la ultima versión de Gnome.En cuanto estuvo disponible de más está decir que instalé la nueva versión de Ubuntu, esperando todo lo mejor.Para mi sorpresa los problemas continuan, tengo entre otros problemas, pantallas negras recurrentes, problemas con el login, problemas en el shut down, en definitiva , algo desconcertante y no esperado. He descubierto con cierto alivio y desencanto que no estoy solo , que no soy yo el problema sino el Koala. Entre problemas ampliamente reportados están: en Ubuntu 9.10, para mi asombro están instalando el viejo kernel del linux  2.6.28 , no el nuevo 2.6.31 finalizado en septiembre como debería esperarse, se cree que esa es la razón por la cual el sistema operativo no reconoce hard drives en ciertas máquinas y la activación de ciertos drivers es extremadamente buggy y crashes de programas se han convertido en algo cotidiano. Acorde al sitio web  Ubuntuforums.org  un 20 % de usuarios reportan problemas que no pueden resolver, solo un 18 % de los que instalaron o actualizaron a la nueva versión reportan no haber tenido problemas, esto último lo puede ver en este poll  , contenido en  Ubuntuforums.org. Las cifras de este poll por supuesto que varían con el tiempo, quizás cuando acceda las cifras han variado, pero no creo que mucho, el punto que son números que no muestran un sistema operativo robusto, estable, y fácil de instalar como la versión anterior de Ubuntu. En este momento Ubuntu Karmic Koala no puede ser clasificado como un Linux para humanos, creo que mas bien muestra una precipitación en arrojar el producto a los usuarios. Es mi opinión personal que Canonical y Ubuntu deberían estar preocupado a esta altura. Normalmente son los usuarios con más background técnico y habilidades informáticas los primeros en adoptar una nueva versión de Linux. Si esta clase de usuarios altamente calificados estan enfrentando problemas que no pueden resolver entonces las pespertivas del usuario común que es menos savvy tecnicamente no es muy buena. Definitivamente Koala Karmic no cumplió las expectativas y ha resultado ser una decepción personal para mi, y creo que un serio revés para Canonical. Hasta el momento Canonical se niega a hablar sobre estos problemas. Por lo pronto me retiro a la seguridad de la versión anterior de Ubuntu. Ese si es Linux para humanos y por ende para mi. Canonical debería haber esperado más tiempo, no creo que marcos de tiempo deben decidir cuando un producto debe ser presentado a los usuarios y sabemos que Canonical cada 6 meses tiene que presentar una nueva versión de Ubuntu. Por lo pronto mantengo mi fe en Canonical y en Ubuntu, para un hombre como yo y para muchos han entregado lo mejor de Linux. Esperemos que todos estos problemas para no decirles desastres sean superados en los próximos meses.

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Noviembre 5, 2009

Las patentes y los genes

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Todos conocemos de un modo u otro, dada la difusión que ha tenido la biología molecular en la cultura popular, que muchos canceres estan asociados a mutaciones en determinados genes. El gen BRCA1 es un gen humano en el cual algunas mutaciones están asociadas por correlaciones muy directas al incremento de riesgo del cancer de seno. Este gen pertenece a la familia de genes conocido como supresores de tumores. Este gen trabaja básicamente como garantía que no ocurran cambios genéticos dramáticos o mutaciones que afecten la integridad genómica. Podemos describir su función en terminos simples, este gen es responsable de la reparación de daños , o sea que funciona como un centinela, detectando errores en la sequencia genética de otros genes y corrigiendo estos. Es importante entender que el gen de por si, no tiene esa función, al fin y al cabo un gen es solo un “blueprint” o plano de una proteina. Debemos recordar que los genes solo son “recetas” para crear proteinas, solo las proteinas cumplen la función biológica. Si un gen sufre una mutación entonces la proteina no es producida del modo original y por ende no jugará el papel biológico asignado. Es la proteina que es sintetizada a partir del gene BRCA1,la cual es llamada proteina IPR011364 la que juega la función biológica de proteger nuestra integridad genómica. Esta proteina está asociada directamente en los procesos de reparación de ADN dañado, en otras palabras elimina mutaciones potencialmente peligrosas. Aparentemente la proteina de este gen juega su papel biológico en conjunción con otras proteinas pero esta aparenta jugar el papel rector en estos procesos de protección de la integridad del ADN. La clase de daño mas común donde esta gen juega un papel activo para correjir es la ruptura de la doble cadena de ADN debido a radiaciones o procesos de intercambio genético entre cromosomas durante procesos de meiosis. Cuando mutaciones ocurren en este gen, un  importante mecanismo de integridad genética ha sido interrumpido o comprometido en el mejor de los casos y como consecuencia las probabilidades de la aparición de Cancer aumentan exponencialmente. Solo queria introducirlos a este gen, a su función biológica y las consecuencias que se derivan cuando ciertas mutaciones ocurren en él, pero el proposito de este posting no es en torno a un gen, sino en torno a la noción y práctica legal que los genes pueden ser patentizados. Por definición legal, las patentes son otorgadas a inventores. La definición de patente claramente lo expresa, reproduzco a continuación esta definición:

La patente es un derecho negativo, otorgado por el Estado a un inventor o a su causahabiente (titular secundario). Este derecho permite al titular de la patente impedir que terceros hagan uso de la tecnología patentada, y por lo tanto el titular de la patente es el único que puede hacer uso de la tecnología que reivindica en la patente. La patentes no son de duración indefinida si no que caducan después de un período determinado que normalmente es de veinte años. Después de la caducidad de la patente cualquier persona puede hacer uso de la tecnología de la patente sin la necesidad del consentimiento del titular de ésta. Se considera invención toda creación humana que permita transformar la materia o la energía que existe en la naturaleza, para su aprovechamiento por el hombre y satisfacer sus necesidades concretas. Serán patentables las invenciones que sean nuevas (novedad), resultado de una actividad inventiva y susceptible de aplicación industrial. También para aplicaciones personales.Luego una patente garantiza un monopolio de explotación de la idea o de una maquinaria durante un cierto tiempo.

Por cientos de años, los elementos de la vida han sido excluidos del dominio de las leyes de patentes; los ingredientes de la vida eran considerados como algo natural y no producto del ingenio humano. El estatus no patentable de los elementos de la vida cambió en 1980 con el caso Diamond vs. Chakrabarty dirimido frente a la Corte Suprema de los EE.UU. Esta suprema instancia decidió, por decisión dividida 5 a 4, que una variedad de bacteria que había sido modificada geneticamente por la inserción de nuevos genes era patentable, dado a que no ocurría naturalmente. Los genes insertados al genoma bacterial le conferian a las bacterias la capacidad de descomponer hidrocarburos y la compañia que desarrolló este microrganismo se propuso utilizarlos en escenarios donde hubiera derrames de petróleo. Personalmente creo que el fallo de la corte fue el más correcto y apropiado, tomando en cuenta que esta bacteria realmente hace algo nuevo como producto de la ingenuidad y esfuerzo humano. Desgraciadamente esta justa desición de la corte, abrió las puertas a una avalancha de peticiones de patentes sobre genes. Cientos de patentes sobre genes han sido otorgadas y esto cae en el rango de lo alucinante e irracional para mi. Hasta donde mi entendimiento llega, por el  momento nadie ha podido inventar un gen humano, a lo sumo estamos descubriendo genes, sus funciones biológicas, sus mutaciones y relación que estas tienen con enfermedades. No creo que descubrir un gen deba implicar para nada que un individuo u organización lo posea legalmente. Repito, legalmente las patentes solo pueden ser otorgadas a invenciones. Lamentablemente, tanto en USA como en Europa las autoridades de patentes tienden a tratar un gene como una sustancia química creada por humanos. Esto abre las puertas, a que un hombre u organización literalmente posea todos los derechos exclusivos sobre un gen, algo que por cierto no crearon, a lo sumo descubrieron o identificaron. Los expertos legales en USA han expresado muy claramente que los genes son  productos de la naturaleza, no productos del ingenio humano y por ende no deben ser patentables, pero aún asi la tendencia nefasta de patentar los genes continua. Es curioso, donde es más facil patentar un gen es en Europa, BRCA1 fue patentada por Myriad Genetics, una compañia norteamericana en Europa por primera vez y luego en nuestro pais. Entiendo que una medicina, prueba genética o producto que se derive del estudio de un gen sea patentable, porque legalmente una medicina es un invento y moralmente es justificable debido al esfuerzo y recursos investidos por la compañia en investigación y desarrollo de estos productos. En ultima instancia creo que es eticamente justificable patentar una medicina producto del estudio de un gen,  pero no un gen.  El microscopio electrónico, en principio es o fué  patentable porque es una invención humana, aunque basado en el uso de electrones, un electron no puede ser patentable porque nadie inventó el electrón. Un mueble novedoso podría en potencia ser patentable no así el árbol de donde proviene la madera con la que se construyó el mueble. Creo que la misma logica legal debe aplicar con los genes, es solo sentido común, no se necesita mucha jurisprudencia ni mucho entendimiento. Si desea conocer los métodos por los cuales usted podría patentar un gen, me puede contactar, conozco de unas cuantas instancias extraordinarias, se asombrará de la “ingenuidad y el candor” de las oficinas de patentes.

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Noviembre 2, 2009

El golem y el homunculus

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golem

Pretendo que este sea un posting pequeño y conciso. En definitiva solo es la respuesta a una pregunta elemental en forma de comentario a mi posting sobre Paracelso. La pregunta consiste en establecer las diferencias entre un golem y un homunculus.Las palabras no son usadas comunmente en nuestras conversaciones, pero si pueden ser leidas en algunos relatos ficcionales contemporaneos, yo por ejemplo fuí introducido al golem leyendo una corta historia o poema de Jorge Luis Borges.  El homunculus también llegó a mí, leyendo, no recuerdo qué, pero muy probablemente algun relato de ficción. Ambas criaturas aparecen recurrentemente en algunas instancias de la literatura contemporanea. Muchos lectores se cuestionan si esos seres realmente existieron o si solo existian en la imaginación del autor. En realidad ambos existieron siglos atrás pero solo en la imaginación colectiva y parecen sobrevivir hasta nuestros tiempos. Creo que mejor comenzemos con el golem. Lo primero a notar , es que el golem es un ser que pertenece al folklore hebreo, supuestamente creado por el rabino Judah Loew ben Bezalel en Praga alrededor del 1500. Es importante notar que nuestro rabino nunca dijo haber creado el golem, solo un siglo o dos después de su muerte comienzan rumores que posteriormente se convertirían en leyenda que el había creado un humanoide para protejer la comunidad judia del acoso de los gentiles. Si nos atenemos a la realidad histórica el fué en su tiempo uno de los máximos exponentes del pensamiento talmúdico y de la filosofía, nunca  habló de crear golems ni proveyó receta alguna de como prepararlos. La leyenda del golem, presenta a esta criatura de un modo inconsistente, fue creado de barro, en ocasiones era de enorme estatura, en otras era pequeño, su misión era espiar a los gentiles de Praga y advertir a los judios de cualquier conspiración en contra de ellos. Imagino que si su misión era infiltrarse entre los gentiles y colectar inteligencia lo mejor era concebirlo de tamaño común, no imagino un golem de 30 cm pasando desapercibido en la población general. En algo todos los relatos concuerdan, es que an algún momento el golem se volvió violento y agresivo y fue necesario destruirlo. Un punto interesante, el golem es presentado como incapaz de tomar desiciones, solo sigue ordenes, no le asiste volición  es mas bien presentado como especie de automata que cumple misiones. También los relatos coinciden en el nombre del golem , la criatura era conocida por los judios como Yosef Golem. Es importante notar que dentro de la mística judia , por siglos antes del comienzo de la leyenda había sido recurrente la noción de la creación de un humanoide, en cierto paralelismo con la creación del hombre a partir del polvo. Otra cosa a notar, es que la leyenda surge en un ambiente marcado de virulento antisemitismo en Praga. Imagino que una comunidad aislada, acosada y perseguida , a veces en sus desesperación pueden recurrir a la imaginación como último recurso. Para mi asombro muchos cristianos creyeron en el golem y le temían.La palabra homunculus parece haber sido introducida por primera vez por el alquimista Paracelsus, el cual  afirmó haber creado uno de estos. El homunculus era en pocas palabras, un hombre pequeño de 30 cm, capaz de desarrollar inteligencia humana completa y por suerte poseemos la receta de como crearlo, el propio Paracelso la proveyó en detalles. Es interesante notar, que el homunculus nace sin inteligencia, pero acorde a Paracelsus: “Es necesario educarlo con gran esmero y cuidados hasta que crezca y comience a manifestar la inteligencia.”. El homunculus poseia volición , además de habilidades humanas, se le escapó a Paracelsus. No hay reporte de alguna clase de conducta violenta del homunculus hasta donde conozco, pero si de dormir muy poco. Además no tenía misión alguna preconcebida en su vida, no era un automata, tenía la habilidad de tomar sus propias desiciones. En mi opinión es la diferencia angular entre ambas criaturas, el golem era especie de automatón y el homunculus hacia lo que le venía en ganas. El golem era el producto imaginativo de la desesperación de una comunidad en terror y el homunculus fué el producto de la imaginación exuberante de un hombre. El uno semihumano, preconcebido para una misión,  el otro, un pequeño humano,  libre de tomar desiciones tan radicales, como abandonar a su creador en medio de la noche.

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Noviembre 1, 2009

El Lazo-D y “out of Africa”

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africa

Este es un artículo original encontrado en ActionBioscience.org , http://www.actionbioscience.org, lo incluyo en mi blog por su altisima calidad, pese a que no es práctical usual reproducir materiales de otras fuentes en mi sitio me decidí a hacerlo. Hace tiempo que me cuestiono muchas cosas en torno a la teoría de nuestra salida reciente de Africa como especie, personalmente no lo creo, creo que salimos de Africa eones atrás. Este artículo presenta el Lazo D, un 7 % del genoma mitocondrial que posee un altisimo ritmo de mutaciones.Esa es la razón principal por lo que lo reproduzco. Pretendo en algún posting posterior mostrar que los polimorfismos presente en el Lazo D, no deberian ser usados como evidencia que soporte ninguna teoría de salida reciente de Africa. Pretendo que la presentación de este artículo constituya el precedente de un analisis crítico en torno a las bases genéticas de la teoría de la salida reciente del hombre del continente Africano. Repito, es un excelente  artículo que amerita ser leido, es facil de comprender y muestra las dos ideas prevalentes en torno al origen de la diversidad y distribución geográfica de nuestra especie. Le debo mil gracias a Max Ingman por su generosidad al permitirme reproducirlo sin la menor objeción en mi blog. Pronto estaremos en otro posting discutiendo el famoso D-Loop y sus implicaciones.

“¿De dónde venimos?” Esta ha sido una de las preguntas fundamentales que se han hecho los humanos por miles de años. En los últimos cien años, los antropólogos físicos han provisto respuestas por mediodel estudio de las características morfológicas, tales como la forma del cráneo, de los restos fosilizados de nuestros ancestros humanos y protohumanos.En los últimos 15 años aproximadamente, los antropólogos moleculares han estado comparando el ADN de humanos provenientes de regiones diversas con el fin de producir árboles evolutivos. Las mutaciones ocurren en nuestro ADN a una tasa regular y a menudo son pasadas a nuestros descendientes. A nivel del genotipo, estas diferencias (o polimorfismos) nos hacen únicos. El análisis de estas diferencias muestra cuán cerca estamos emparentados. Sin embargo, los diferentes métodos usados por los antropólogos físicos y moleculares han producido puntos de vista opuestos sobre cómo loshumanos modernos pudieron evolucionar a partir de nuestros ancestros arcaicos.

Dos hipótesis principales
Las dos hipótesis principales están de acuerdo en que Homo erectus evolucionó en Africa y se dispersó al resto del mundo alrededor de 1 a 2 millones de años atrás. Donde no se ponen de acuerdo es en la historia más reciente.
1) Evolución multiregional
•Esta hipótesis sugiere que los humanos modernos evolucionaron simultáneamente y en varias regiones del mundo a partir de formas arcaicas (tales como el Neanderthal y el Homo erectus)
•Esta hipótesis está apoyada por evidencia física, particularmente la continuidad de características morfológicas entre los humanos arcaicos y los modernos.
•La hipótesis es apoyada hoy en día por una minoría

2) Origen reciente en Africa
•Esta hipótesis propone que los humanos modernos evolucionaron solo una vez en Africa hacen 100 a 200 mil años.
•Subsecuentemente, los humanos modernos colonizaron el resto del mundo sin mezclarse genéticamente con las formas arcaicas.
•Esta hipótesis está apoyada por la mayoría de la evidencia genética.

El ADN Mitocondrial

El ADN está presente dentro del núcleo de cada célula de nuestro cuerpo. Pero es el ADN de las mitocondrias de la célula el que ha sido usado más comúnmente para construir árboles evolutivos.
•Las mitocondrias tienen su propio genoma de alrededor de 16,500 bases, el cual existe fuera del núcleo de las células. Cada genoma contiene 13 genes que codifican proteínas, 22 tARN y 2 rARN.
•Grandes cantidades de mitocondrias están presentes en cada célula, lo cual requiere un menor número de muestras.
•Tienen una tasa de substitución (mutaciones donde un nucleótido es reemplazado por otro) más alta que el ADN nuclear, lo cual hace más fácil la resolución de diferencias entre individuos cercanamente emparentados.
•Ellas se heredan solo de la madre, lo cual permite trazar líneas genéticas directas.
•Ellas no se recombinan. El proceso de recombinación en el ADN nuclear (con la excepción del cromosoma Y) mezcla secciones de ADN de la madre y del padre, creando así una historia genética mezclada e ilegible.

Enfocándose en el lazo D
La evidencia de los estudios del ADN por lo general apoya la hipótesis del origen reciente en Africa, pero estas conclusiones han sido criticadas por falta de apoyo estadístico. Una posible razón es que estos estudios se han enfocado principalmente en los polimorfismos de una sección pequeña del genoma mitocondrial, llamada el lazo D (D-loop en inglés), que contiene alrededor del 7% del genoma mitocondrial. La razón de la popularidad de esta región se basa en su tasa de mutación particularmente alta. Esto permite a los científicos analizar una región relativamente pequeña pero suficiente para resolver las diferencias entre secuencias estrechamente relacionadas. Desafortunadamente, se está haciendo más patente cada día que esta alta tasa de mutación está en realidad obscureciendo la información útil. Se han identificado tres problemas específicos con los datos provenientes del lazo D:

•Retro-mutaciones, o sitios en donde ya ha ocurrido una substitución y que regresan a su estado original
•Substitución paralela, en donde mutaciones ocurren en el mismo sitio en linajes independientes
•Heterogeneidad de la tasa, en donde hay una gran diferencia en la tasa de mutación de ciertos sitios al ser comparados con otros sitios en la misma región; los datos muestran evidencia de ciertos “sitios calientes” para mutaciones.

¿Una solución?
Aunque el genoma mitocondrial es uno de los primeros genomas que fue secuenciado en su totalidad, no fue sino hasta hace poco que la tecnología permitió la obtención de secuencias tan largas como éstas con relativa facilidad y que se hiciera un estudio lo suficientemente grande que utilizara genomas enteros. Este estudio se convirtió en un estudio clave importante en el campo de la genética de poblaciones y quizás será el precedente para un nuevo campo de estudio llamado “genómica de poblaciones.” Estos investigadores (Igman et al., ver referencias) encontraron que a pesar de que secueciar un genoma completo es mucho trabajo, tiene varias ventajas importantes:

•A pesar de que el lazo D estuvo evolucionando a tasas mucho más altas, el estudio del genoma completo, con su ampliada longitud, permitió el análisis del doble de información en sitios polimórficos (es decir, sitios que muestran el mismo polimorfismo en por lo menos dos secuencias).
•El número de retro-mutaciones y mutaciones paralelas afuera del lazo D fueron prácticamente cero.
•La tasa de evolución del resto del genoma fue sorpresivamente uniforme entre sitios diferentes, genes diferentes y también entre complejos genéticos diferentes.
Genómica de poblaciones
 El robusto árbol filogenético reconstruido con esta base de datos de genomas mitocondriales completos da un apoyo fuerte a la teoría del “origen reciente en Africa.” Determinando la tasa de substitución de las secuencias genómicas, es posible derivar fechas para cada punto del árbol y construir una cronología de eventos en la evolución y migración de las especies.
•La fecha más importante, en relación a las teorías evolucionarias compitientes, es la fecha en que todas las secuencias coalecen en una sola: la “Eva mitocondrial.”
•De este estudio se obtuvo la fecha de 171,500 años atrás, fecha que encaja admirablemente bien con la propuesta por la hipótesis del origen reciente en Africa.
•Para nosotros poder aceptar la multiregionalidad, esta fecha debería ser mucho más antigua, ya que representaría al ancestro común de Homo erectus, en vez del de Homo sapiens.
Este es solo el primer estudio y la genómica de poblaciones está en su infancia. El futuro proveerá más estudios con un número creciente de secuencias de poblaciones aún no analizadas y quizás una interfase entre datos genéticos de loci diferentes. Por ejemplo, un estudio reciente de restos humanos antiguos en Australia integró datos genéticos con la información recolectada por antropología física. Hay muchas preguntas importantes que esperan ser resueltas, como por ejemplo, cómo y cuándo llegaron los aborígenes a Australia, así como la historia evolucionaria y las interrelaciones entre los indígenas del Norte y Sudamérica.

El australiano Max Ingman está terminando su doctorado en genética médica en la Universidad de Uppsala, en Suecia. Recientemente él y sus colegas analizaron el genoma mitocondrial completo de personas seleccionadas de diversas áreas geográficas, antecedentes raciales y linguísticos. Este estudio es considerado como uno de los análisis más completos hechos hasta hoy. Él continúa trabajando en proyectos que tratan sobre las historias evolutivas de ciertas poblaciones algo enigmáticas.
http://www.uu.se/findperson.php?uid=N99-1523

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Octubre 31, 2009

Paracelsus y el homunculus

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paraPhilippus Aureolus Bombast von Hohenheim decidió un buen dia, que merecía algo mejor como nombre y con buenas razones, asi que decidió latinizarse como Paracelsus. Con un nombre similar yo hubiera tomado la misma desición. El fué un médico y alquimista de origen suizo aleman, nacido en 1493. Su buen nombre y notoriedad lo adquirió debido a supuestamente haber logrado como alquimista la transmutación del plomo en oro. Recuerden que la meta final de todo alquimista era la conversión de los llamados metales innobles tales como el plomo en oro a travéz del uso de la piedra filosofal. Sabemos que eso es simplemente imposible, lo cual ya lo coloca en la común categoria de mentiroso para la epoca. Otros de sus logros es haber nombrado al zinc , llamandolo originalmente zincum, evidentemente el nombre que le otorgó al metal es algun latinazo, como era común en la época. El  mismo nombre, Paracelsus, que escogió para sí mismo y por el que es universalmente conocido, significa  “superior a Celso”, un famoso médico de la antiguedad romana. Perteneció Paracelsus a la clase de practicantes viajeros, en búsqueda afanosa de la verdad y muchas cosas realmente aprendió por los caminos de Europa. No sé si su imaginación exaltada la adquirió en todo estos trajines y viajes, o la heredó de algun inquieto ancestro. El punto que nuestro amigo, aparte de mostrar signos de real inteligencia y talento, a la par mostró una imaginación colorida y desproporcionada. Entre las cosas inteligentes y revolucionarias que planteó para la época fué de que la cirugía no debía ser una actividad marginal relegada a los barberos sino una disciplina médica. Considerando la época hay que reconocerle cierta agudeza de pensamiento y entendimiento general. Paracelso es considerado el precursor de la homeopatía, pues planteó, sin evidencia alguna “similia similibus curantur”, en español  “lo parejo cura lo parejo”  y basado en este simple principio creó todo un arsenal de medicinas, desconozco cuan efectivos fueron estos brevajes.Paracelsus era hijo de una época donde la ciencia y la magia no estaban bien separadas, y el siendo un hijo de su tiempo no pudo sustraerse de su contexto histórico. No olvidemos que Newton aparte de proveernos con las leyes básicas de la mecánica, dedicó gran parte de su tiempo a la alquimia y astrología. Era un tiempo donde se podía ser científico y mago a la par, era el tiempo donde la ciencia se comenzaba a deslindar para siempre de la magia. Paracelsus no escapó a esa dualidad, fué un medico visionario y para su desgracia personal un mago de primera clase al que se le fué la mano. Aparte de su actividad medica Paracelsus dedicó ingente esfuerzos en crear un homumculus, un pequeño ser humano de 30 cm de altura, que supuestamente hablaría, comería y al cual le asistiría todo lo demás atributos que caraterizan a un humano. Un atributo curioso del homunculus acorde a Paracelsus es que dormía muy poco. No tengo la menor idea de donde extrajo esa peregrina conclusión. Es evidente a la luz de nuestra ciencia moderna, que los esfuerzos de Paracelsus por producir el homunculus estaban destinados al fracaso. Hay relatos muy confiables, que muestran que Paracelsus dedicó ingentes esfuerzo y tiempo persiguiendo esta meta no alcanzable, predeciblemente a Paracelsus no le fue muy bien en este propósito. Nuestro hombre pertenecía a la clase de hombres que en nuestro tiempos calficaríamos de mentirosos o embusteros. En realidad era solo un hijo de su época, padecía de una imaginación exaltada e hiperbólica. Pero definitivamente en lo del homunculus se pasó, como diriamos en Cuba. Acorde a la detallada receta de Paracelsus , el método de crear un homumculus consistía en tomar algo de semen, huesos y pelo y poner la mezcla en una botella , enterrarlo en estiércol de caballo durante 40 días. Despues de recuperar la botella un diminuto humano comenzaría a formarse, Paracelso aconsejaba alimentarlo con sangre durante los próximos 40 días. Después era aconsejable extraerlo de la botella, y ya el homunculus estaba “ready”. Ignoro si ya hablaba al ser extraido de la botella. Segun algunos relatos, no confirmados, y que se puede atribuir a sus enemigos, que no eran pocos, Paracelso llegó tan lejos como decir en la universidad de Paris que poseía un homunculus como asistente personal, por supuesto que los profesores le exijieron que lo mostrara, el prometió mostrarlo al siguiente dia. Acorde a esta historia, al siguiente dia apareció Paracelsus todo compujido frente a los profesores  porque el ingrato homunculus escapó aprovechando la noche. Toda una historia alucinante pero no necesariamente real. Las consecuencias de este incidente para Paracelsus son bien predecibles, su credibilidad sufriría un duro golpe, y el resto de su vida sería ridiculizado, acusado de mago y hasta de brujería, serio cargo para la época.

La receta original de como crear el homumculus, la pude encontrar de forma literal en su libro  “La naturaleza de las cosas”

“Encierre durante cuarenta días en un alambique licor espermático del hombre, que allí se pudra y continúe a componerse en un recipiente lleno de estiércol de caballo, hasta que comience a vivir y moverse, lo cual es fácil de reconocer. Después de ese tiempo aparecerá una forma parecida a la de un hombre, pero transparente y casi sin sustancia. Si, luego de esto, se alimenta todos los días este joven producto, prudente y cuidadosamente, con sangre humana secreta (es decir una preparación alquímica roja), y se lo conserva durante cuarenta semanas a un calor constantemente igual al del vientre del caballo, este producto viene a ser un verdadero y viviente niño, con todos sus miembros como el nacido de la mujer, pero sólo más pequeño y al que llamamos un homúnculo. Es necesario educarlo con gran esmero y cuidados hasta que crezca y comience a manifestar la inteligencia.

Aparte del relato anterior, que definitivamente es alucinante y con matizes ridiculos, Paracelsus dijo algo entre tantas cosas que merece ser recordado y lo reproduzco fielmente:

“Unicamente un hombre virtuoso puede ser buen médico”

Creo que nuestro colorido Paracelsus debería ser recordado más por esta frase que por el dudoso e ingrato homumculus que se le escapó aprovechando la noche. En lecturas posteriores que realizé,  un  Paracelsus inteligente y de pensamiento independiente emergió para mi, un hombre del medioevo con todas las limitaciones que eso implicaba, pero aún asi un visionario. Para nada un personaje a trivializar o ridiculizar,  Paracelsus fué  un hombre extraordinario, solo entendible a la luz de los límites de su época. Recomiendo leer el documento que proveo y podran apreciar su verdadero genio visionario. En un momento como este, donde la medicina se ha comercializado desproporcionadamente y por ende su práctica ha sido de algun modo desnaturalizada, en un mundo como el nuestro, Paracelso debería ser citado en los predios universitarios a la par del juramento Hipocrático. No todos los doctores han sucumbido a las tentaciones del mercantilismo, gracias a DIOS tenemos un gran grupo de Doctores altamente profesionales y plenos de valores humanos, los cuales validan la verdadera naturaleza de un médico, pero hay otros que son la verguenza. Espero que la primera clase de Doctores prevalezcan porque de ellos necesitamos desesperadamente. Debería haber sin dudas un “toque” de Paracelsus en cada doctor y en cada uno de nosotros, necesitamos la audacia de pensar independientemente y  desafiar lo establecido,  por supuesto de los homumculus mejor ni hablar.

pdf20 Lea este documento en formato PDF sobre la vida y obra de Paracelsus.

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Octubre 26, 2009

El carnaval de Ida

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La ciencia no debe ser circo, ni tramoya , ni mucho menos pretexto para ganar audencia en los medios. Ya tenemos bastantes cosas lamentables, sórdidas y aún grotescas en este mundo, no es todo esto suficiente para la prensa y los medios? Por qué algunos científicos pretenden alcanzar el status de celebridad?  Yo creo que cualquier disciplina científica está supuesta a ser objetiva y metódica en su naturaleza. Por principio, debe ser ajena a festividades carnavalescas y en mi opinión personal mientras más lejos de la prensa, lo mejor para ella. En definitiva los científicos no son estrellas de Hollywood o lo son para estos tiempos? Yo entiendo que un descubrimiento o avance dramático que altera la comprensión de nuestro mundo y cambia para siempre libros de textos inevitablemente se convierte en parte de las noticias y potencialmente en “headlines” en la prensa. Tenemos un fósil, con nombre Ida, anunciado a bombo y platillo, promocionado por la prensa como el eslabón perdido y aún los mismos científicos cooperaron con el show mediático. La fanfarra no paró por semanas, aún el alcalde se enfrascó en el carnaval y serios científicos se sumaron a esta ridicula comparza. El fósil fue elevado al panteón de las estrellas de rock, al fin y al cabo era nada más ni nada menos que el eslabón perdido. El mismo Michael Bloomberg, alcalde de NYC , no quizo perder la ocasión cuando la pieza fue develada, de hecho fue el personalmente quien la develó, quizás estaba pensando en el documental que ya estaba en producción. También fue Ida fué la protagonista de un exitoso libro, “The Link: Uncovering Our Earliest Ancestor” (El eslabón: descubrimiento de nuestro antepasado más antiguo). Aún Google.com puso un logo de Ida en cada una de sus paginas de busqueda. Me cuestiono seriamente si los paleontológos que participaron en este show no sabian mas que esto. Se obtienen grants del NSF por asociación a una estrella de esta magnitud y estos maestros de artes antiguas lo saben muy, pero muy bien. Asi que tremendo carnaval se armó, Michael Bloomberg , maestro de ceremonia, los científicos y la prensa en la comparza y el fosil dando vueltas que vueltas en la punta de un palo, como en un carnaval Habanero. Nada más ajeno al espiritu de la verdadera ciencia, la ciencia tiene como empresa humana el signo del esfuerzo, seriedad y sobriedad. Este ha sido el caso mas evidente que he visto de la trivialización de la ciencia. Ahora , al conjunto de las ignorancias humanas, podemos añadir el supuesto descubrimiento del eslabón perdido, cortesia de los medios y politicos en su busqueda insaciable por atención.
Las cosas han cambiado significativamente desde el fin del carnaval  para el fósil, es algo triste, en definitiva Ida, nada ha dicho ni pretendido. Analizemos este nuevo escenario, después que el show mediático concluyó  viene el tiempo en que la comunidad científica puede extraer conclusiones de esta evidencia fósil en un ambiente de moderación que permite aplicar la ciencia objetivamente. Lo primero en lo que los expertos estan de acuerdo en su autenticidad como fósil y en lo extraordinario de su preservación, casi el 95 % de sus huesos estan intactos, y aún parte de sus pelos y contenido del estomago son visibles.  Es en  la interpretación del espécimen donde las divergencias comienzan. Recuerden que el valor de esta pieza, no proviene por su preservación extraordinaria, sino en que consiste en el tan buscado eslabón perdido. Los autores de la publicación científica claman que la morfología de Ida puede cambiar la filogenética y surgieren que este fosil pertenece a los primeros precursores de los humanos. Los humanos y monos pertenecen al grupo de los antropoides. Muchas discusiones existen en torno al origen de este grupo. Pese a estas discusiones, existe un concenso en la comunidad científica que los antropoides provienen de los extintos omomyds o tarsiers. Hay una minoría alternativa, por cierto bastante menguante, que creen que los adapids son el origen de los antropoides.El equipo que descubrió a Ida pertenece a esta exigua minoria. Ellos plantean que Ida es un adapid, y tiene características morfológicas mas cercanas a los antropoides que a los lemures. Los lemures son aceptados como descendientes de los adapids. Creo fundamental, presentar que para nada existe un concenso en la comunidad científica. Serios y prestigiosos miembros de la comunidad paleontógica para nadan aceptan estas conclusiones vertidas en la publicación. Otros consideran que esa son conclusiones son precipitadas y con una pobrisima evidencia que la soporte. La inmensa mayoría si concuerda que lo de Ida es un incidente grotesco y carnavalezco, algo muy ajeno al espiritu y letra de la verdadera ciencia.  En primer lugar, no existe para nada en la ciencia algo llamado eslabón perdido.  Yo no soy un paleontólogo , pero si tengo la capacidad de pensar criticamente, y creo que Ida es un fósil que para nada mereció este tratamiento real.A continuación les presento opiniones, altamente autorizadas en este campo de la paleontología, que refutan la hipotesis de la publicación.
 

Creo que la evidencia es menos que convincente. Ellos hacen un argumento intrigante pero yo definitivamente digo que el consenso científico no está en favor de la hipótesis que ellos están planteando. Chris Gilbert, paleontropólogo de Yale University

Ellos plantean en su publicación que el analisis de la anatomia de los adapids muestran que estos animales tienen que ver con los actuales humanos y monos. Este planteamiento no tiene evidencia científica alguna que lo soporte. Además, ellos no citan en su publicación todo un cuerpo de evidencia que presenta  elementos de peso contra  esta hipotesis. Richard Kay, paleontólogo,  Duke University

La sugerencia de que Ida (estaba) específicamente relacionada con los primates superiores, es decir, los simios y humanos, era en realidad un punto de vista minoritario desde el principio. Así que fue una sorpresa para muchos de nosotros que estudiamops la paleontología de los primates. Erik Seiffert, paleontólogo, Stony Brook University

 
jorn_h_hurumEn un acto asombroso para mi, Jorn Hurum descubridor del fosil y autor de la publicación dijo pocos dias atrás aceptar la nueva interpresentación del fósil a la luz de las actuales circunstancias como comienzo de un nuevo debate. Ante el peso abrumador de la evidencia e intenso criticismo de la comunidad científica Jorn Hurum admite con una inmensa elegancia y gracia que en algunas de las piezas publicitarias realizadas con ocasión de la presentación del fosil se exageraron las implicaciones científicas del hallazgo. Ahora Hurum asegura que lo que se dijo en su investigación fue que el grupo al que pertenecía Ida tiene características en común con los simios y monos. Me cuestiono seriamente por qué no lo dijo en los momentos en que transcurría el show mediático. Hubiera podido parar al momento un incidente ridiculo y para nada afortunado, hubiera parado el carnaval en seco y de paso salvar su buen nombre. La razón es muy simple. Creo que temía que la audencia del documental pudiera haber sido afectada de modo sustancial de saberse que su protagonista no sería el eslabón perdido, sino un fósil más entre tantos. No se que decir sino un buen  %^%&%&#$3@#$!!!!!!

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